Balík: python3-dna-jellyfish (2.3.1-3 a iné)
Odkazy pre python3-dna-jellyfish
Zdroje Debian:
Stiahnuť zdrojový balík jellyfish:
Správcovia:
- Debian Med Packaging Team (Stránka QA, Konferencia)
- Shaun Jackman (Stránka QA)
- Andreas Tille (Stránka QA)
- Michael R. Crusoe (Stránka QA)
- Étienne Mollier (Stránka QA)
Externé zdroje:
- Domovská stránka [www.genome.umd.edu]
Podobné balíky:
count k-mers in DNA sequences (Python bindings of jellyfish)
JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences of all such substrings is a central step in many analyses of DNA sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting packages by using an efficient encoding of a hash table and by exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase parallelism.
JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an binary format, which can be translated into a human-readable text format using the "jellyfish dump" command.
This package contains the Python bindings of jellyfish.
Ostatné balíky súvisiace s balíkom python3-dna-jellyfish
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.34) [nie ia64]
- knižnica GNU C - zdieľané knižnice
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb
-
- dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]
- knižnica GNU C - zdieľané knižnice
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie hppa, ia64, riscv64]
- podporná knižnica GCC
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
-
- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- podporná knižnica GCC
-
- dep: libjellyfish-2.0-2 (>= 2.3.0) [ia64]
- count k-mers in DNA sequences (dynamic library of jellyfish)
- dep: libjellyfish-2.0-2 (>= 2.3.1) [nie ia64]
-
- dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nie ia64]
- štandardná knižnica C++ GNU v3
- dep: libstdc++6 (>= 9) [ia64]
-
- dep: libunwind8 [ia64]
- nnižnica na určenie na určenie postupnosti volania programu - dynamické súbory
-
- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
- dep: python3 (<< 3.10) [ia64]
- dep: python3 (<< 3.13) [nie ia64]
- dep: python3 (>= 3.11~) [nie ia64]
- dep: python3 (>= 3.9~) [ia64]
Stiahnuť python3-dna-jellyfish
| Architektúra | Verzia | Veľkosť balíka | Nainštalovaná veľkosť | Súbory |
|---|---|---|---|---|
| amd64 | 2.3.1-3+b4 | 65.1 kB | 326.0 kB | [zoznam súborov] |
| arm64 | 2.3.1-3+b4 | 62.5 kB | 438.0 kB | [zoznam súborov] |
| hppa (neoficiálny port) | 2.3.1-2+b1 | 74.2 kB | 384.0 kB | [zoznam súborov] |
| ia64 (neoficiálny port) | 2.3.0-12 | 67.0 kB | 280.0 kB | [zoznam súborov] |
| mips64el | 2.3.1-3+b4 | 60.0 kB | 452.0 kB | [zoznam súborov] |
| ppc64el | 2.3.1-3+b4 | 66.7 kB | 438.0 kB | [zoznam súborov] |
| riscv64 | 2.3.1-3+b4 | 68.2 kB | 286.0 kB | [zoznam súborov] |