パッケージ: pdb2pqr (2.1.1+dfsg-7+deb11u1)
pdb2pqr に関するリンク
Debian の資源:
pdb2pqr ソースパッケージをダウンロード:
- [pdb2pqr_2.1.1+dfsg-7+deb11u1.dsc]
- [pdb2pqr_2.1.1+dfsg.orig.tar.xz]
- [pdb2pqr_2.1.1+dfsg-7+deb11u1.debian.tar.xz]
メンテナ:
- Debian Med Packaging Team (QA ページ, メールアーカイブ)
- Steffen Moeller (QA ページ)
- Manuel Prinz (QA ページ)
- Andreas Tille (QA ページ)
外部の資源:
- ホームページ [www.cgl.ucsf.edu]
類似のパッケージ:
Preparation of protein structures for electrostatics calculations
PDB2PQR is a Python software package that automates many of the common tasks of preparing structures for continuum electrostatics calculations. It thus provides a platform-independent utility for converting protein files in PDB format to PQR format. These tasks include:
* Adding a limited number of missing heavy atoms to biomolecular structures * Determining side-chain pKas * Placing missing hydrogens * Optimizing the protein for favorable hydrogen bonding * Assigning charge and radius parameters from a variety of force fields
This package also includes PropKa, a tool to modify the protonation state of protein structures in the Protein Data Bank (PDB) format to match a given pKa value. It can also be used to refine NMR structures, which often yield inaccurate pKa values for some residues.
その他の pdb2pqr 関連パッケージ
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- dep: libc6 (>= 2.29)
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armel, armhf 以外]
- GCC 共有ライブラリ
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
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- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
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- dep: python3
- 対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)
- dep: python3 (<< 3.10)
- dep: python3 (>= 3.9~)
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- dep: python3-networkx
- tool to create, manipulate and study complex networks (Python3)
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- dep: python3-numpy
- Fast array facility to the Python 3 language
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- sug: apbs
- Adaptive Poisson Boltzmann Solver
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- enh: autodocktools
- パッケージは利用できません
pdb2pqr のダウンロード
アーキテクチャ | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
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amd64 | 383.0 kB | 2,934.0 kB | [ファイル一覧] |
arm64 | 373.5 kB | 2,925.0 kB | [ファイル一覧] |
armel | 363.1 kB | 2,853.0 kB | [ファイル一覧] |
armhf | 364.8 kB | 2,737.0 kB | [ファイル一覧] |
i386 | 389.2 kB | 2,878.0 kB | [ファイル一覧] |
mips64el | 373.3 kB | 3,199.0 kB | [ファイル一覧] |
mipsel | 372.3 kB | 3,128.0 kB | [ファイル一覧] |
ppc64el | 385.5 kB | 3,169.0 kB | [ファイル一覧] |
s390x | 384.1 kB | 3,085.0 kB | [ファイル一覧] |