Paket: pdb2pqr (2.1.1+dfsg-7+deb11u1)

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Betreuer:

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Externe Ressourcen:

Homepage [www.cgl.ucsf.edu]

Preparation of protein structures for electrostatics calculations

PDB2PQR is a Python software package that automates many of the common tasks of preparing structures for continuum electrostatics calculations. It thus provides a platform-independent utility for converting protein files in PDB format to PQR format. These tasks include:

 * Adding a limited number of missing heavy atoms to biomolecular structures
 * Determining side-chain pKas
 * Placing missing hydrogens
 * Optimizing the protein for favorable hydrogen bonding
 * Assigning charge and radius parameters from a variety of force fields

This package also includes PropKa, a tool to modify the protonation state of protein structures in the Protein Data Bank (PDB) format to match a given pKa value. It can also be used to refine NMR structures, which often yield inaccurate pKa values for some residues.

Andere Pakete mit Bezug zu pdb2pqr

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: libc6 (>= 2.29)

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nicht armel, armhf]

GCC Support-Bibliothek

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)
dep: python3

Interaktive objektorientierte Hochsprache (Python3-Standardversion)

dep: python3 (<< 3.10)

dep: python3 (>= 3.9~)
dep: python3-networkx

Werkzeug zum Erstellen, Manipulieren und Studieren komplexer Netzwerke (Python 3)
dep: python3-numpy

Schnelle Array-Einrichtung für die Sprache Python 3

sug: apbs

Adaptive Poisson Boltzmann Solver

enh: autodocktools

Paket nicht verfügbar

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Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	383,0 kB	2.934,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	373,5 kB	2.925,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	363,1 kB	2.853,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	364,8 kB	2.737,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	389,2 kB	2.878,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	373,3 kB	3.199,0 kB	[Liste der Dateien]
mipsel	372,3 kB	3.128,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	385,5 kB	3.169,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	384,1 kB	3.085,0 kB	[Liste der Dateien]