all options
buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Source: pdb2pqr  ]

Пакунок: pdb2pqr (2.1.1+dfsg-7+deb11u1)

Links for pdb2pqr

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package pdb2pqr:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

Preparation of protein structures for electrostatics calculations

PDB2PQR is a Python software package that automates many of the common tasks of preparing structures for continuum electrostatics calculations. It thus provides a platform-independent utility for converting protein files in PDB format to PQR format. These tasks include:

 * Adding a limited number of missing heavy atoms to biomolecular structures
 * Determining side-chain pKas
 * Placing missing hydrogens
 * Optimizing the protein for favorable hydrogen bonding
 * Assigning charge and radius parameters from a variety of force fields

This package also includes PropKa, a tool to modify the protonation state of protein structures in the Protein Data Bank (PDB) format to match a given pKa value. It can also be used to refine NMR structures, which often yield inaccurate pKa values for some residues.

Інші пакунки пов'язані з pdb2pqr

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Завантажити pdb2pqr

Завантаження для всіх доступних архітектур
Архітектура Розмір пакунка Розмір після встановлення Файли
amd64 383.0 kB2,934.0 kB [список файлів]
arm64 373.5 kB2,925.0 kB [список файлів]
armel 363.1 kB2,853.0 kB [список файлів]
armhf 364.8 kB2,737.0 kB [список файлів]
i386 389.2 kB2,878.0 kB [список файлів]
mips64el 373.3 kB3,199.0 kB [список файлів]
mipsel 372.3 kB3,128.0 kB [список файлів]
ppc64el 385.5 kB3,169.0 kB [список файлів]
s390x 384.1 kB3,085.0 kB [список файлів]