Pakiet: pdb2pqr (2.1.1+dfsg-7+deb11u1)

Odnośniki dla pdb2pqr

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego pdb2pqr:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [www.cgl.ucsf.edu]

Podobne pakiety:

Preparation of protein structures for electrostatics calculations

PDB2PQR is a Python software package that automates many of the common tasks of preparing structures for continuum electrostatics calculations. It thus provides a platform-independent utility for converting protein files in PDB format to PQR format. These tasks include:

 * Adding a limited number of missing heavy atoms to biomolecular structures
 * Determining side-chain pKas
 * Placing missing hydrogens
 * Optimizing the protein for favorable hydrogen bonding
 * Assigning charge and radius parameters from a variety of force fields

This package also includes PropKa, a tool to modify the protonation state of protein structures in the Protein Data Bank (PDB) format to match a given pKa value. It can also be used to refine NMR structures, which often yield inaccurate pKa values for some residues.

Inne pakiety związane z pdb2pqr

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libc6 (>= 2.29)

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf]

Biblioteka wspomagająca GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

dep: python3 (<< 3.10)

dep: python3 (>= 3.9~)
dep: python3-networkx

tool to create, manipulate and study complex networks (Python3)
dep: python3-numpy

Fast array facility to the Python 3 language

sug: apbs

Adaptive Poisson Boltzmann Solver

enh: autodocktools

Pakiet niedostępny

Pobieranie pdb2pqr

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	383,0 KiB	2 934,0 KiB	[lista plików]
arm64	373,5 KiB	2 925,0 KiB	[lista plików]
armel	363,1 KiB	2 853,0 KiB	[lista plików]
armhf	364,8 KiB	2 737,0 KiB	[lista plików]
i386	389,2 KiB	2 878,0 KiB	[lista plików]
mips64el	373,3 KiB	3 199,0 KiB	[lista plików]
mipsel	372,3 KiB	3 128,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	385,5 KiB	3 169,0 KiB	[lista plików]
s390x	384,1 KiB	3 085,0 KiB	[lista plików]