[ Source: sga ]
Package: sga (0.10.15-7 and others)
Links for sga
Debian Resources:
Download Source Package sga:
Maintainers:
- Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
- Michael R. Crusoe (QA Page)
- Andreas Tille (QA Page)
External Resources:
- Homepage [github.com]
Similar packages:
assemblatore de novo di genoma che usa grafi di stringhe
L'obiettivo principale di SGA è di essere molto efficiente in termini di memoria, il che è raggiunto usando una rappresentazione compressa delle letture di sequenze di DNA.
SGA è un assemblatore de novo per letture di sequenze di DNA. È basato sulla formulazione di assemblaggio di grafi di stringhe di Gene Myers e usa l'FM-index/trasformata di Burrows-Wheeler per trovare in maniera efficiente le sovrapposizioni tra letture di sequenze.
Other Packages Related to sga
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- dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)
- libreria dinamica per manipolare file BAM (allineamento di genoma)
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- dep: libc6 (>= 2.34)
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- libreria di supporto a GCC
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- dep: libgomp1 (>= 6)
- libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)
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- dep: libstdc++6 (>= 11)
- libreria GNU Standard C++, versione 3
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- dep: perl
- "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall
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- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
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- dep: python3-pysam
- interfaccia al formato SAM/BAM per allineamento e mappatura di sequenze (Python 3)
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- dep: python3-ruffus
- libreria per pipeline elaborativa di Python 3 ampiamente usata in bioinformatica
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- dep: samtools
- elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM
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- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- libreria di compressione - runtime
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- rec: abyss
- assemblatore di sequenze, parallelo, de novo per letture corte
Download sga
| Architecture | Version | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|---|
| ppc64el | 0.10.15-7+b1 | 692.6 kB | 2,304.0 kB | [list of files] |