Пакет: sga (0.10.15-7 и другие)

Ссылки для sga

Ресурсы Debian:

Исходный код sga:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [github.com]

Подобные пакеты:

de novo genome assembler that uses string graphs

The major goal of SGA is to be very memory efficient, which is achieved by using a compressed representation of DNA sequence reads.

SGA is a de novo assembler for DNA sequence reads. It is based on Gene Myers' string graph formulation of assembly and uses the FM-index/Burrows-Wheeler transform to efficiently find overlaps between sequence reads.

Другие пакеты, относящиеся к sga

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)

dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files
dep: libc6 (>= 2.34)

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

вспомогательная библиотека GCC
dep: libgomp1 (>= 6)

вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)
dep: libstdc++6 (>= 11)

стандартная библиотека GNU C++ версии 3
dep: perl

практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов
dep: python3

интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)
dep: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: python3-ruffus

Python3 computation pipeline library widely used in bioinformatics
dep: samtools

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

библиотека сжатия

rec: abyss

de novo, parallel, sequence assembler for short reads

Загрузка sga

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
ppc64el	0.10.15-7+b1	692,6 Кб	2 304,0 Кб	[список файлов]