[ Source: sga ]
Paketti: sga (0.10.15-7 ja muut)
Links for sga
Debian-palvelut:
Imuroi lähdekoodipaketti sga:
Ylläpitäjät:
- Debian Med Packaging Team (Laadunvalvontasivu, Mail Archive)
- Michael R. Crusoe (Laadunvalvontasivu)
- Andreas Tille (Laadunvalvontasivu)
External Resources:
- Kotisivu [github.com]
Samankaltaisia paketteja:
de novo genome assembler that uses string graphs
The major goal of SGA is to be very memory efficient, which is achieved by using a compressed representation of DNA sequence reads.
SGA is a de novo assembler for DNA sequence reads. It is based on Gene Myers' string graph formulation of assembly and uses the FM-index/Burrows-Wheeler transform to efficiently find overlaps between sequence reads.
Muut pakettiin sga liittyvät paketit
|
|
|
|
-
- dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)
- dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files
-
- dep: libc6 (>= 2.34)
- GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- GCC:n apukirjasto
-
- dep: libgomp1 (>= 6)
- GCC OpenMP (GOMP) support library
-
- dep: libstdc++6 (>= 11)
- GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3
-
- dep: perl
- Larry Wallin kieli tekstitiedostojen analysointia ja raportointia varten
-
- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
-
- dep: python3-pysam
- interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
-
- dep: python3-ruffus
- Python3 computation pipeline library widely used in bioinformatics
-
- dep: samtools
- processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot
-
- rec: abyss
- de novo, parallel, sequence assembler for short reads
Imuroi sga
| Arkkitehtuuri | Versio | Paketin koko | Koko asennettuna | Tiedostot |
|---|---|---|---|---|
| ppc64el | 0.10.15-7+b1 | 692.6 kt | 2,304.0 kt | [tiedostoluettelo] |