Package: wtdbg2 (2.5-7 and others)
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Maintainers:
External Resources:
- Homepage [github.com]
Similar packages:
assemblatore de novo di sequenze per letture lunghe con rumore
Wtdbg2 è un assemblatore de novo di sequenze per letture lunghe con rumore prodotte da PacBio od Oxford Nanopore Technologies (ONT). Assembla le letture grezze senza correzione di errore e poi costruisce la sequenza di consenso dall'output di assemblaggio intermedio. Wtdbg2 è in grado di assemblare il genoma umano e persino il genoma di 32Gb dell'axolotl ad una velocità dieci volte più elevata di CANU e FALCON, pur producendo contig con accuratezza di basi comparabile.
Durante l'assemblaggio, wtdbg2 taglia le letture in segmenti di 1024 pb, unisce segmenti simili in un vertice e connette i vertici in base alla adiacenza dei segmenti nelle letture. Il grafico risultante è detto grafo di Bruijn fuzzy (FBG). È simile al grafo di De Bruijn, ma permette non corrispondenze/gap e mantiene i percorsi delle letture quando collassa i k-meri. L'uso di FBG distingue wtdbg2 dalla maggior parte degli assemblatori di letture lunghe.
Other Packages Related to wtdbg2
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- dep: libc6 (>= 2.29)
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb
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- dep: zlib1g (>= 1:1.2.0)
- libreria di compressione - runtime
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- sug: minimap2
- allineatore a coppie versatile per sequenze genomiche e nucleotidiche con splice
-
- sug: mummer
- Allineamento efficiente di sequenze di genomi completi
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- sug: perl
- "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall
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- sug: samtools
- elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM
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- sug: wtdbg2-examples
- esempi per wtdbg - assemblatore de novo di sequenze
Download wtdbg2
| Architecture | Version | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|---|
| amd64 | 2.5-7+b1 | 678.4 kB | 6,643.0 kB | [list of files] |
| arm64 | 2.5-7+b1 | 328.2 kB | 1,014.0 kB | [list of files] |
| armel | 2.5-7+b1 | 345.5 kB | 1,184.0 kB | [list of files] |
| armhf | 2.5-7+b1 | 355.8 kB | 872.0 kB | [list of files] |
| i386 | 2.5-7+b1 | 866.7 kB | 5,501.0 kB | [list of files] |
| mips64el | 2.5-7+b1 | 345.5 kB | 1,282.0 kB | [list of files] |
| mipsel | 2.5-7+b1 | 387.9 kB | 1,384.0 kB | [list of files] |
| ppc64el | 2.5-7+b1 | 364.4 kB | 1,366.0 kB | [list of files] |
| s390x | 2.5-7+b1 | 335.9 kB | 1,302.0 kB | [list of files] |