Pakiet: wtdbg2 (2.5-7 i inne)

Odnośniki dla wtdbg2

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego wtdbg2:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [github.com]

Podobne pakiety:

de novo sequence assembler for long noisy reads

Wtdbg2 is a de novo sequence assembler for long noisy reads produced by PacBio or Oxford Nanopore Technologies (ONT). It assembles raw reads without error correction and then builds the consensus from intermediate assembly output. Wtdbg2 is able to assemble the human and even the 32Gb Axolotl genome at a speed tens of times faster than CANU and FALCON while producing contigs of comparable base accuracy.

During assembly, wtdbg2 chops reads into 1024bp segments, merges similar segments into a vertex and connects vertices based on the segment adjacency on reads. The resulting graph is called fuzzy Bruijn graph (FBG). It is akin to De Bruijn graph but permits mismatches/gaps and keeps read paths when collapsing k-mers. The use of FBG distinguishes wtdbg2 from the majority of long-read assemblers.

Inne pakiety związane z wtdbg2

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libc6 (>= 2.29)

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
dep: zlib1g (>= 1:1.2.0)

Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

sug: minimap2

versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences
sug: mummer

Efficient sequence alignment of full genomes
sug: perl

praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla
sug: samtools

Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM
sug: wtdbg2-examples

Examples for wtdbg - de novo sequence assembler

Pobieranie wtdbg2

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	2.5-7+b1	678,4 KiB	6 643,0 KiB	[lista plików]
arm64	2.5-7+b1	328,2 KiB	1 014,0 KiB	[lista plików]
armel	2.5-7+b1	345,5 KiB	1 184,0 KiB	[lista plików]
armhf	2.5-7+b1	355,8 KiB	872,0 KiB	[lista plików]
i386	2.5-7+b1	866,7 KiB	5 501,0 KiB	[lista plików]
mips64el	2.5-7+b1	345,5 KiB	1 282,0 KiB	[lista plików]
mipsel	2.5-7+b1	387,9 KiB	1 384,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	2.5-7+b1	364,4 KiB	1 366,0 KiB	[lista plików]
s390x	2.5-7+b1	335,9 KiB	1 302,0 KiB	[lista plików]