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assegnazione di etichette tassonomiche a sequenze corte di DNA

Kraken è un sistema per assegnare etichette tassonomiche a sequenze corte di DNA, solitamente ottenute tramite studi metagenomici. Tentativi precedenti da parte di altri software di bioinformatica di compiere questo compito spesso hanno usato tecniche di allineamento delle sequenze o di apprendimento macchina che erano piuttosto lente, portando allo sviluppo di programmi di stima dell'abbondanza meno sensibili, ma molto più veloci. Kraken ha lo scopo di raggiungere alta sensibilità e alta velocità usando allineamenti esatti di k-meri e un nuovo algoritmo di classificazione.

Nella sua modalità operativa più veloce, per un metagenoma simulato di letture di 100 pb, Kraken ha elaborato più di 4 milioni di letture al minuto su un singolo core, oltre 900 volte più veloce di Megablast e oltre 11 volte più veloce del programma di stima dell'abbondanza MetaPhlAn. L'accuratezza di Kraken è confrontabile con Megablast, con una sensibilità leggermente inferiore e una precisione molto alta.

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