Package: jellyfish1 (1.1.11-5)
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- Homepage [www.cbcb.umd.edu]
Similar packages:
conta i k-meri in sequenze di DNA
JELLYFISH è uno strumento per contare in modo veloce ed efficiente in termini di memoria i k-meri nel DNA. Un k-mero è una sottostringa di lunghezza k, e contare le occorrenze di tutte queste sottostringhe è un passo fondamentale in molte analisi delle sequenze del DNA. JELLYFISH può contare i k-meri usando una quantità di memoria un ordine di grandezza più piccola e una velocità di un ordine di grandezza più grande di quelle degli altri pacchetti per il conteggio dei k-meri, grazie all'uso di una codifica efficiente di una tabella hash e sfruttando l'istruzione "compare-and-swap" della CPU per aumentare il parallelismo.
JELLYFISH è un programma a riga di comando che legge file FASTA e multi-FASTA contenenti sequenze di DNA. Produce in output il suo conteggio dei k-meri in formato binario, che può essere tradotto in testo intelligibile usando il comando "jellyfish dump".
Questa è la versione più recente della serie 1.x di jellyfish che è utilizzata da alcune altre applicazioni che non sono compatibili con la versione 2.x, che è fornita nel pacchetto jellyfish.
Other Packages Related to jellyfish1
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- dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]
- dep: libc6 (>= 2.4) [not amd64, arm64, ppc64el]
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, i386]
- libreria di supporto a GCC
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]
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- dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]
- libreria GNU Standard C++, versione 3
- dep: libstdc++6 (>= 9) [not armel, armhf]
-
- enh: kraken
- assegnazione di etichette tassonomiche a sequenze corte di DNA
Download jellyfish1
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| amd64 | 128.3 kB | 656.0 kB | [list of files] |
| arm64 | 128.3 kB | 624.0 kB | [list of files] |
| armel | 126.1 kB | 607.0 kB | [list of files] |
| armhf | 126.4 kB | 535.0 kB | [list of files] |
| i386 | 151.4 kB | 675.0 kB | [list of files] |
| mips64el | 116.4 kB | 740.0 kB | [list of files] |
| ppc64el | 129.5 kB | 748.0 kB | [list of files] |
| s390x | 129.6 kB | 660.0 kB | [list of files] |