Пакет: jellyfish1 (1.1.11-5)

Ссылки для jellyfish1

Ресурсы Debian:

Исходный код jellyfish1:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [www.cbcb.umd.edu]

Подобные пакеты:

count k-mers in DNA sequences

JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences of all such substrings is a central step in many analyses of DNA sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting packages by using an efficient encoding of a hash table and by exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase parallelism.

JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an binary format, which can be translated into a human-readable text format using the "jellyfish dump" command.

This is the latest version of the 1.x series of jellyfish which is used by some other applications that are not compatible with version 2.x which is provided inside the jellyfish package.

Другие пакеты, относящиеся к jellyfish1

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

dep: libc6 (>= 2.4) [не amd64, arm64, ppc64el]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не armel, armhf, i386]

вспомогательная библиотека GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]
dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]

стандартная библиотека GNU C++ версии 3

dep: libstdc++6 (>= 9) [не armel, armhf]

enh: kraken

assigning taxonomic labels to short DNA sequences

Загрузка jellyfish1

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	128,3 Кб	656,0 Кб	[список файлов]
arm64	128,3 Кб	624,0 Кб	[список файлов]
armel	126,1 Кб	607,0 Кб	[список файлов]
armhf	126,4 Кб	535,0 Кб	[список файлов]
i386	151,4 Кб	675,0 Кб	[список файлов]
mips64el	116,4 Кб	740,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	129,5 Кб	748,0 Кб	[список файлов]
s390x	129,6 Кб	660,0 Кб	[список файлов]