Package: minia (3.2.6-3)
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Debian Resources:
Download Source Package minia:
Maintainers:
- Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
- Olivier Sallou (QA Page)
- Andreas Tille (QA Page)
- Steffen Moeller (QA Page)
External Resources:
- Homepage [minia.genouest.org]
Similar packages:
assemblatore di sequenze biologiche a letture corte
Fino all'anno 2020 ciò che veniva chiamato sequenziamento di DNA di prossima generazione ("next-generation") produceva solo letture "corte", fino a ~600 paia basi in lunghezza, che poi dovevano essere unite come un puzzle, mediante sovrapposizioni casuali nella loro sequenza, fino ad un genoma completo. Questo è l'assemblamento di un genoma. Ci sono molti tranelli biologici in lunghi tratti di regioni a bassa complessità e variazioni nel numero di copie e altri tipi di ridondanze che lo rendono difficile.
Questo pacchetto contiene un assemblatore di sequenze di DNA a letture corte basato su un grafo di de Bruijn, capace di assemblare un genoma umano su un computer desktop in un giorno.
L'output di Minia è un insieme di contig, cioè tratti di sovrapposizioni lineari di letture corte privi di gap. Nel migliore caso possibile è un intero cromosoma.
Minia produce risultati con contiguità e accuratezza simili ad altri assemblatori di de Bruijn (es. Velvet).
Other Packages Related to minia
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- dep: bc
- linguaggio di calcolo a precisione arbitraria GNU bc
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- dep: libc6 (>= 2.34)
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also a virtual package provided by libc6-udeb
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- dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2+dfsg)
- libreria dinamica del toolbox di analisi genomica
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- libreria di supporto a GCC
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- dep: libhdf5-103-1
- file runtime C di HDF5 - versione seriale
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- dep: libstdc++6 (>= 11)
- libreria GNU Standard C++, versione 3
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- dep: zlib1g
- libreria di compressione - runtime
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- rec: samtools
- elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM
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- sug: bandage
- applicazione bioinformatica per navigare facilmente grafi di assemblati de novo
Download minia
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| ppc64el | 393.8 kB | 824.0 kB | [list of files] |