Pakiet: minia (3.2.6-3)

Odnośniki dla minia

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego minia:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [minia.genouest.org]

Podobne pakiety:

short-read biological sequence assembler

What was referred to as "next-generation" DNA sequencing up to the year 2020 delivered only "short" reads up to ~600 base pairs in length that would then have to be puzzled by random overlaps in their sequence towards a complete genome. This is the genome assembly. And there are many biological pitfalls on long stretches of low complexity regions and copy number variations and other sorts of redundancies that render this difficult.

This package provides a short-read DNA sequence assembler based on a de Bruijn graph, capable of assembling a human genome on a desktop computer in a day.

The output of Minia is a set of contigs, i.e. stretches of gap-free linear overlaps of short reads. In the best possible case this is a whole chromosome.

Minia produces results of similar contiguity and accuracy to other de Bruijn assemblers (e.g. Velvet).

Inne pakiety związane z minia

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: bc

GNU bc - język kalkulatora z dowolną precyzją
dep: libc6 (>= 2.34)

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2+dfsg)

dynamic library of the Genome Analysis Toolbox
dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

Biblioteka wspomagająca GCC
dep: libhdf5-103-1

HDF5 C runtime files - serial version
dep: libstdc++6 (>= 11)

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
dep: zlib1g

Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

rec: samtools

Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

sug: bandage

Bioinformatics Application for Navigating De novo Assembly Graphs Easily

Pobieranie minia

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
ppc64el	393,8 KiB	824,0 KiB	[lista plików]