Paquet : parsnp (2.0.5+dfsg-1)

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Paquets similaires :

rapid core genome multi-alignment

Parsnp was designed to align the core genome of hundreds to thousands of bacterial genomes within a few minutes to few hours. Input can be both draft assemblies and finished genomes, and output includes variant (SNP) calls, core genome phylogeny and multi-alignments. Parsnp leverages contextual information provided by multi-alignments surrounding SNP sites for filtration/cleaning, in addition to existing tools for recombination detection/filtration and phylogenetic reconstruction.

Autres paquets associés à parsnp

dépendances

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suggestions

enhances

dep: fasttree

arbres phylogénétiques à partir d'alignements de nucléotides ou des séquences de protéines
dep: harvest-tools

archivage et post-traitement d’alignements multiples génomiques « reference-compressed »
dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, ia64, sh4]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libgomp1 (>= 6)

bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)
dep: libmuscle1 (>= 3.7+4565)

multiple alignment library for protein sequences
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

bibliothèque standard C++ de GNU v3
dep: libunwind8 [ia64]

bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable
dep: mummer

Alignement de séquence efficace de génomes complets
dep: phipack

PHI test and other tests of recombination
dep: python3

langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3
dep: python3-biopython

bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique
dep: python3-numpy

gestion rapide des tableaux pour le langage Python – Python 3
dep: python3-pyspoa

Python bindings to spoa
dep: python3-tqdm

fast, extensible progress bar for Python 3 and CLI tool
dep: raxml

ressemblance maximale accélérée aléatoire d'arbres phylogénétiques
dep: time

programme GNU time pour mesurer l'utilisation des ressources CPU

rec: python3-dendropy

DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)

Télécharger parsnp

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	206,3 ko	2 012,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	200,9 ko	1 947,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	191,2 ko	1 947,0 ko	[liste des fichiers]
armel	187,0 ko	1 906,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	182,4 ko	1 826,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	200,5 ko	1 916,0 ko	[liste des fichiers]
i386	200,6 ko	1 942,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	256,9 ko	2 246,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	191,5 ko	1 930,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	203,2 ko	2 022,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	209,2 ko	2 011,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	212,7 ko	2 011,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	219,4 ko	1 883,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	184,6 ko	1 947,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	227,6 ko	1 947,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	182,8 ko	2 655,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	202,9 ko	1 930,0 ko	[liste des fichiers]