Пакет: parsnp (2.0.5+dfsg-1)
Връзки за parsnp
Ресурси за Debian:
- Доклади за грешки
- Developer Information
- Журнал на промените в Debian
- Авторски права
- Управление на кръпките в Debian
Изтегляне на пакет-източник parsnp.
Отговорници:
- Debian Med Packaging Team (Страница за QA, Пощенски архив)
- Andreas Tille (Страница за QA)
- Étienne Mollier (Страница за QA)
Външни препратки:
- Начална страница [harvest.readthedocs.org]
Подобни пакети:
rapid core genome multi-alignment
Parsnp was designed to align the core genome of hundreds to thousands of bacterial genomes within a few minutes to few hours. Input can be both draft assemblies and finished genomes, and output includes variant (SNP) calls, core genome phylogeny and multi-alignments. Parsnp leverages contextual information provided by multi-alignments surrounding SNP sites for filtration/cleaning, in addition to existing tools for recombination detection/filtration and phylogenetic reconstruction.
Други пакети, свързани с parsnp
|
|
|
|
-
- dep: fasttree
- phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences
-
- dep: harvest-tools
- archiving and postprocessing for reference-compressed genomic multi-alignments
-
- dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, sh4]
- GNU C Library: Shared libraries
също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
- GNU C Library: Shared libraries
също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]
- GCC support library
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
-
- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]
- GCC support library
-
- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- GCC support library
-
- dep: libgomp1 (>= 6)
- GCC OpenMP (GOMP) support library
-
- dep: libmuscle1 (>= 3.7+4565)
- multiple alignment library for protein sequences
-
- dep: libstdc++6 (>= 13.1)
- GNU Standard C++ Library v3
-
- dep: libunwind8 [ia64]
- library to determine the call-chain of a program - runtime
-
- dep: mummer
- Efficient sequence alignment of full genomes
-
- dep: phipack
- PHI test and other tests of recombination
-
- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
-
- dep: python3-biopython
- Python3 library for bioinformatics
-
- dep: python3-numpy
- Fast array facility to the Python language (Python 3)
-
- dep: python3-pyspoa
- Python bindings to spoa
-
- dep: python3-tqdm
- fast, extensible progress bar for Python 3 and CLI tool
-
- dep: raxml
- Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees
-
- dep: time
- GNU time program for measuring CPU resource usage
-
- rec: python3-dendropy
- DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)
Изтегляне на parsnp
Архитектура | Големина на пакета | Големина след инсталиране | Файлове |
---|---|---|---|
alpha (неофициална архитектура) | 206,3 кБ | 2 012,0 кБ | [списък на файловете] |
amd64 | 200,9 кБ | 1 947,0 кБ | [списък на файловете] |
arm64 | 191,2 кБ | 1 947,0 кБ | [списък на файловете] |
armel | 187,0 кБ | 1 906,0 кБ | [списък на файловете] |
armhf | 182,4 кБ | 1 826,0 кБ | [списък на файловете] |
hppa (неофициална архитектура) | 200,5 кБ | 1 916,0 кБ | [списък на файловете] |
i386 | 200,6 кБ | 1 942,0 кБ | [списък на файловете] |
ia64 (неофициална архитектура) | 256,9 кБ | 2 246,0 кБ | [списък на файловете] |
m68k (неофициална архитектура) | 191,5 кБ | 1 930,0 кБ | [списък на файловете] |
mips64el | 203,2 кБ | 2 022,0 кБ | [списък на файловете] |
ppc64 (неофициална архитектура) | 209,2 кБ | 2 011,0 кБ | [списък на файловете] |
ppc64el | 212,7 кБ | 2 011,0 кБ | [списък на файловете] |
riscv64 | 219,4 кБ | 1 883,0 кБ | [списък на файловете] |
s390x | 184,6 кБ | 1 947,0 кБ | [списък на файловете] |
sh4 (неофициална архитектура) | 227,6 кБ | 1 947,0 кБ | [списък на файловете] |
sparc64 (неофициална архитектура) | 182,8 кБ | 2 655,0 кБ | [списък на файловете] |
x32 (неофициална архитектура) | 202,9 кБ | 1 930,0 кБ | [списък на файловете] |