[ Source: parsnp ]
Paketti: parsnp (2.0.5+dfsg-1)
Links for parsnp
Debian-palvelut:
Imuroi lähdekoodipaketti parsnp:
Ylläpitäjät:
- Debian Med Packaging Team (Laadunvalvontasivu, Mail Archive)
- Andreas Tille (Laadunvalvontasivu)
- Étienne Mollier (Laadunvalvontasivu)
External Resources:
- Kotisivu [harvest.readthedocs.org]
Samankaltaisia paketteja:
rapid core genome multi-alignment
Parsnp was designed to align the core genome of hundreds to thousands of bacterial genomes within a few minutes to few hours. Input can be both draft assemblies and finished genomes, and output includes variant (SNP) calls, core genome phylogeny and multi-alignments. Parsnp leverages contextual information provided by multi-alignments surrounding SNP sites for filtration/cleaning, in addition to existing tools for recombination detection/filtration and phylogenetic reconstruction.
Muut pakettiin parsnp liittyvät paketit
|
|
|
|
-
- dep: fasttree
- phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences
-
- dep: harvest-tools
- archiving and postprocessing for reference-compressed genomic multi-alignments
-
- dep: libc6 (>= 2.34) [ei alpha, ia64, sh4]
- GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
- GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]
- GCC:n apukirjasto
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
-
- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]
- GCC:n apukirjasto
-
- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- GCC:n apukirjasto
-
- dep: libgomp1 (>= 6)
- GCC OpenMP (GOMP) support library
-
- dep: libmuscle1 (>= 3.7+4565)
- multiple alignment library for protein sequences
-
- dep: libstdc++6 (>= 13.1)
- GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3
-
- dep: libunwind8 [ia64]
- library to determine the call-chain of a program - runtime
-
- dep: mummer
- Efficient sequence alignment of full genomes
-
- dep: phipack
- PHI test and other tests of recombination
-
- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
-
- dep: python3-biopython
- Python3 library for bioinformatics
-
- dep: python3-numpy
- Fast array facility to the Python language (Python 3)
-
- dep: python3-pyspoa
- Python bindings to spoa
-
- dep: python3-tqdm
- fast, extensible progress bar for Python 3 and CLI tool
-
- dep: raxml
- Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees
-
- dep: time
- GNU time ohjelma suorittimen resurssien käytön seurantaan
-
- rec: python3-dendropy
- DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)
Imuroi parsnp
| Arkkitehtuuri | Paketin koko | Koko asennettuna | Tiedostot |
|---|---|---|---|
| alpha (epävirallinen siirros) | 206.3 kt | 2,012.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| amd64 | 200.9 kt | 1,947.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| arm64 | 191.2 kt | 1,947.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| armel | 187.0 kt | 1,906.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| armhf | 182.4 kt | 1,826.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| hppa (epävirallinen siirros) | 200.5 kt | 1,916.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| i386 | 200.6 kt | 1,942.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| ia64 (epävirallinen siirros) | 256.9 kt | 2,246.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| m68k (epävirallinen siirros) | 191.5 kt | 1,930.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| mips64el | 203.2 kt | 2,022.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| ppc64 (epävirallinen siirros) | 209.2 kt | 2,011.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| ppc64el | 212.7 kt | 2,011.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| riscv64 | 219.4 kt | 1,883.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| s390x | 184.6 kt | 1,947.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| sh4 (epävirallinen siirros) | 227.6 kt | 1,947.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| sparc64 (epävirallinen siirros) | 182.8 kt | 2,655.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| x32 (epävirallinen siirros) | 202.9 kt | 1,930.0 kt | [tiedostoluettelo] |