Paquet : tophat (2.1.1+dfsg1-2 et autres)

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Paquets similaires :

fast splice junction mapper for RNA-Seq reads

TopHat aligns RNA-Seq reads to mammalian-sized genomes using the ultra high-throughput short read aligner Bowtie, and then analyzes the mapping results to identify splice junctions between exons. TopHat is a collaborative effort between the University of Maryland Center for Bioinformatics and Computational Biology and the University of California, Berkeley Departments of Mathematics and Molecular and Cell Biology.

Autres paquets associés à tophat

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: bowtie2

aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

ou bowtie

aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire
dep: libboost-system1.67.0

bibliothèque de système d'exploitation (par ex. gestion des diagnostics)
dep: libboost-thread1.67.0

multitâche portable pour C++
dep: libc6 (>= 2.15) [amd64]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]
dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

bibliothèque standard C++ de GNU v3
dep: python

langage interactif de haut niveau orienté objet (version Python2)
dep: samtools (>= 1.5)

traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

Bibliothèque de compression - binaires

sug: cufflinks

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	2.1.1+dfsg1-2+b1	654,2 ko	3 832,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	2.1.1+dfsg1-2+b1	591,7 ko	3 567,0 ko	[liste des fichiers]