Paquet : bowtie2 (2.3.4.3-1)

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Paquets similaires :

aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

Ce paquet est un outil à faible empreinte mémoire et ultra-rapide pour l'alignement de lectures de séquençage à séquences longues de référence. Il est particulièrement performant pour l'alignement de lectures d'environ 50 symboles et jusqu'à des centaines ou des milliers de symboles, et particulièrement performant pour l'alignement de génomes relativement longs (par exemple, le génome de mammifères).

Bowtie 2 indexe le génome avec un FM-index pour garder une faible empreinte mémoire : pour le génome humain, son empreinte en mémoire vive est typiquement d'environ 3,2 Go. Bowtie 2 gère les modes d'alignement écarté, local, et par paire.

Étiquettes: Biologie: Acides nucléiques, Domaine: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Interface utilisateur: Ligne de commande, Rôle: role::program, use::comparing, Fonctionne avec: Séquence biologique

Autres paquets associés à bowtie2

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recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.14)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

bibliothèque standard C++ de GNU v3
dep: libtbb2

bibliothèque de parallélisme pour C++ – environnement d’exécution
dep: python

langage interactif de haut niveau orienté objet (version Python2)
dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

Bibliothèque de compression - binaires

sug: bowtie2-examples

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	1 160,1 ko	5 052,0 ko	[liste des fichiers]