[ Quellcode: sga ]
Paket: sga (0.10.15-5)
Links für sga
Debian-Ressourcen:
Quellcode-Paket sga herunterladen:
Betreuer:
- Debian Med Packaging Team (QS-Seite, E-Mail-Archiv)
- Michael R. Crusoe (QS-Seite)
- Andreas Tille (QS-Seite)
Externe Ressourcen:
- Homepage [github.com]
Ähnliche Pakete:
de novo genome assembler that uses string graphs
The major goal of SGA is to be very memory efficient, which is achieved by using a compressed representation of DNA sequence reads.
SGA is a de novo assembler for DNA sequence reads. It is based on Gene Myers' string graph formulation of assembly and uses the FM-index/Burrows-Wheeler transform to efficiently find overlaps between sequence reads.
Andere Pakete mit Bezug zu sga
|
|
|
|
-
- dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg)
- dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files
-
- dep: libc6 (>= 2.29)
- GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
-
- dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el]
- Paket nicht verfügbar
- dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [mipsel]
- dep: libgcc1 (>= 1:7) [i386]
-
- dep: libgomp1 (>= 6)
- Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)
-
- dep: libstdc++6 (>= 9)
- GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)
-
- dep: python3
- Interaktive objektorientierte Hochsprache (Python3-Standardversion)
-
- dep: python3-pysam
- interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
-
- dep: python3-ruffus
- Python3 computation pipeline library widely used in bioinformatics
-
- dep: samtools
- processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- Kompressions-Bibliothek - Laufzeit
-
- rec: abyss (>= 2.0.2-1)
- Paralleler De-novo-Sequenzassembler für »short reads«
sga herunterladen
| Architektur | Paketgröße | Größe (installiert) | Dateien |
|---|---|---|---|
| amd64 | 815,0 kB | 2.443,0 kB | [Liste der Dateien] |
| arm64 | 591,0 kB | 1.747,0 kB | [Liste der Dateien] |
| armel | 573,9 kB | 1.710,0 kB | [Liste der Dateien] |
| armhf | 603,8 kB | 1.258,0 kB | [Liste der Dateien] |
| i386 | 878,4 kB | 2.634,0 kB | [Liste der Dateien] |
| mips64el | 750,3 kB | 3.008,0 kB | [Liste der Dateien] |
| mipsel | 788,6 kB | 2.954,0 kB | [Liste der Dateien] |
| ppc64el | 677,1 kB | 2.239,0 kB | [Liste der Dateien] |