[ Quellcode: sga ]
Paket: sga (0.10.15-7 und andere)
Links für sga
Debian-Ressourcen:
Quellcode-Paket sga herunterladen:
Betreuer:
- Debian Med Packaging Team (QS-Seite, E-Mail-Archiv)
- Michael R. Crusoe (QS-Seite)
- Andreas Tille (QS-Seite)
Externe Ressourcen:
- Homepage [github.com]
Ähnliche Pakete:
de novo genome assembler that uses string graphs
The major goal of SGA is to be very memory efficient, which is achieved by using a compressed representation of DNA sequence reads.
SGA is a de novo assembler for DNA sequence reads. It is based on Gene Myers' string graph formulation of assembly and uses the FM-index/Burrows-Wheeler transform to efficiently find overlaps between sequence reads.
Andere Pakete mit Bezug zu sga
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- dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)
- dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files
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- dep: libc6 (>= 2.34)
- GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nicht armel, armhf, i386]
- GCC Support-Bibliothek
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]
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- dep: libgomp1 (>= 6)
- Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)
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- dep: libstdc++6 (>= 11)
- GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)
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- dep: perl
- Larry Wall's Practical Extraction und Report Language
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- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
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- dep: python3-pysam
- interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
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- dep: python3-ruffus
- Python3 computation pipeline library widely used in bioinformatics
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- dep: samtools
- processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
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- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- Kompressions-Bibliothek - Laufzeit
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- rec: abyss
- Paralleler De-novo-Sequenzassembler für »short reads«
sga herunterladen
| Architektur | Version | Paketgröße | Größe (installiert) | Dateien |
|---|---|---|---|---|
| amd64 | 0.10.15-7+b1 | 812,5 kB | 2.432,0 kB | [Liste der Dateien] |
| arm64 | 0.10.15-7+b1 | 580,5 kB | 1.792,0 kB | [Liste der Dateien] |
| armel | 0.10.15-7+b1 | 564,3 kB | 1.727,0 kB | [Liste der Dateien] |
| armhf | 0.10.15-7+b1 | 582,9 kB | 1.279,0 kB | [Liste der Dateien] |
| i386 | 0.10.15-7+b1 | 876,3 kB | 2.607,0 kB | [Liste der Dateien] |
| mips64el | 0.10.15-7+b1 | 745,3 kB | 3.062,0 kB | [Liste der Dateien] |
| ppc64el | 0.10.15-7+b1 | 692,6 kB | 2.304,0 kB | [Liste der Dateien] |