Package: samtools (1.20-3 and others)

Links for samtools

Debian Resources:

Download Source Package samtools:

Maintainers:

Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
Charles Plessy (QA Page)
Andreas Tille (QA Page)
Étienne Mollier (QA Page)

External Resources:

Homepage [www.htslib.org]

Similar packages:

Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater

Samtools er et sæt af værktøjer, der manipulerer sammenligninger af nukleotidsekvenser i det binære BAM-format. Værktøjet importerer fra og eksporterer til ascii SAM-formatet (Sequence Alignment/Map) og CRAM-formater, udfører sortering, sammenlægning og indeksering, og gør det muligt at hente læsninger i alle områder hurtigt. Det er designet til at arbejde på en strøm, og er i stand til at åbne en BAM- eller CRAM-fil (ikke SAM) på en ekstern FTP- eller HTTP-server.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Networking: Client, Network Protocol: FTP, protocol::http, role::program, Scope: Utility, Interface Toolkit: Ncurses TUI, Purpose: use::analysing, use::calculating, Filtering, Works with: Biological Sequence

Other Packages Related to samtools

depends

recommends

suggests

enhances

dep: libc6 (>= 2.34)

GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
dep: libhts3t64 (>= 1.20~)

C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater
dep: libncurses6 (>= 6)

delte biblioteker til terminalhåndtering
dep: libtinfo6 (>= 6)

delt terminfo-bibliotek på lavt niveau for terminalhåndtering
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [not armel, armhf, i386]

Komprimeringsbibliotek - kørselstid

dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, i386]

sug: cwltool

Common Workflow Language - referenceimplementering

Download samtools

Download for all available architectures
Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1.20-3	637.6 kB	1,409.0 kB	[list of files]
arm64	1.20-3+b1	613.9 kB	1,674.0 kB	[list of files]
armel	1.20-3	601.7 kB	1,330.0 kB	[list of files]
armhf	1.20-3	605.0 kB	1,146.0 kB	[list of files]
i386	1.20-3	672.3 kB	1,538.0 kB	[list of files]
mips64el	1.20-3	615.2 kB	1,824.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.20-3	662.7 kB	1,929.0 kB	[list of files]
riscv64	1.20-3	647.5 kB	1,281.0 kB	[list of files]
s390x	1.20-3	643.8 kB	1,485.0 kB	[list of files]