パッケージ: samtools (1.20-3 など)

samtools に関するリンク

Debian の資源:

samtools ソースパッケージをダウンロード:

メンテナ:

外部の資源:

ホームページ [www.htslib.org]

類似のパッケージ:

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: implemented-in::c, interface::commandline, ネットワークの利用方法: クライアント, ネットワークプロトコル: FTP, protocol::http, role::program, 対象範囲: ユーティリティ, インタフェースツールキット: Ncurses TUI, 目的: use::analysing, use::calculating, フィルタリング, 取り扱い対象: 生物学的配列

その他の samtools 関連パッケージ

依存

推奨

提案

enhances

dep: libc6 (>= 2.34)

GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
dep: libhts3t64 (>= 1.20~)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libncurses6 (>= 6)

端末処理用共有ライブラリ
dep: libtinfo6 (>= 6)

端末を扱う低レベルの terminfo 共有ライブラリ
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [armel, armhf, i386 以外]

圧縮ライブラリ - ランタイム

dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, i386]

sug: cwltool

Common Workflow Language reference implementation

samtools のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	1.20-3	637.6 kB	1,409.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	1.20-3+b1	613.9 kB	1,674.0 kB	[ファイル一覧]
armel	1.20-3	601.7 kB	1,330.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	1.20-3	605.0 kB	1,146.0 kB	[ファイル一覧]
i386	1.20-3	672.3 kB	1,538.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	1.20-3	615.2 kB	1,824.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	1.20-3	662.7 kB	1,929.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	1.20-3	647.5 kB	1,281.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	1.20-3	643.8 kB	1,485.0 kB	[ファイル一覧]