Package: grabix (0.1.7-5 and others)
Links for grabix
Debian Resources:
Download Source Package grabix:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [github.com]
Similar packages:
Wee-værktøj for vilkårlig adgang i BGZF-filer
I biomedicinsk forskning er det en stigende praksis at studere det genetiske grundlag for sygdom. Dette består nu ofte af sekventering af menneskesekvenser. Resultatet for maskinen er dog redundant, og den reelle sekvens er den bedste sekvens til at forklare redundansen. Udvekslingen af data sker kun med komprimerede filer - ellers er de for store og redundante at udføre. Man bør undgå dekomprimering hvor muligt.
Grabix udnytter det fantastiske BGZF-bibliotek fra pakken samtools til at tilbyde vilkårlig adgang til tekstfiler, som er blevet komprimeret med bgzip. Grabix opretter sit eget indeks (.gbi) over bgzipped-filen. Når indekseret kan man udtrække arbitrære linjer fra filen med kommandoen grab. Eller vælge vilkårlige linjer med kommandoen random.
Other Packages Related to grabix
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.38) [not alpha, ia64, sh4]
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [not armel, armhf, hppa, m68k]
- GCC støttebibliotek
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
-
- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]
- GCC støttebibliotek
-
- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- GCC støttebibliotek
-
- dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not ia64]
- GNU Standard C++ bibliotek v3
- dep: libstdc++6 (>= 5.2) [ia64]
-
- dep: libunwind8 [ia64]
- Bibliotek til at bestemme call-chain for et program - kørselstid
-
- dep: tabix
- Generisk indeksprogram for TAB-afgrænsede arvemassepositionsfiler
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.0)
- Komprimeringsbibliotek - kørselstid
Download grabix
| Architecture | Version | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|---|
| alpha (unofficial port) | 0.1.7-5 | 14.7 kB | 92.0 kB | [list of files] |
| amd64 | 0.1.7-5 | 14.9 kB | 56.0 kB | [list of files] |
| arm64 | 0.1.7-5 | 14.2 kB | 92.0 kB | [list of files] |
| armel | 0.1.7-5 | 15.9 kB | 91.0 kB | [list of files] |
| armhf | 0.1.7-5 | 15.2 kB | 91.0 kB | [list of files] |
| hppa (unofficial port) | 0.1.7-5 | 16.5 kB | 52.0 kB | [list of files] |
| i386 | 0.1.7-5 | 16.1 kB | 59.0 kB | [list of files] |
| ia64 (unofficial port) | 0.1.7-4 | 16.9 kB | 63.0 kB | [list of files] |
| m68k (unofficial port) | 0.1.7-5 | 26.4 kB | 108.0 kB | [list of files] |
| mips64el | 0.1.7-5 | 15.4 kB | 93.0 kB | [list of files] |
| ppc64 (unofficial port) | 0.1.7-5 | 15.2 kB | 92.0 kB | [list of files] |
| ppc64el | 0.1.7-5 | 14.9 kB | 92.0 kB | [list of files] |
| riscv64 | 0.1.7-5 | 14.3 kB | 48.0 kB | [list of files] |
| s390x | 0.1.7-5 | 14.5 kB | 52.0 kB | [list of files] |
| sh4 (unofficial port) | 0.1.7-5 | 28.3 kB | 148.0 kB | [list of files] |
| sparc64 (unofficial port) | 0.1.7-5 | 14.0 kB | 1,054.0 kB | [list of files] |
| x32 (unofficial port) | 0.1.7-5 | 14.9 kB | 51.0 kB | [list of files] |