Package: ariba (2.13.3+ds-1)

Links for ariba

Debian Resources:

Download Source Package ariba:

Maintainers:

External Resources:

Homepage [github.com]

Similar packages:

Antibiotic Resistance Identification By Assembly

ARIBA er et værktøj til at identificere antibiotikaresistensgener ved at køre lokale forsamlinger. Inddata er en FASTA-fil med referencegener og parrede sekventeringslæsninger. ARIBA rapporterer hvilke af referencegenerne der blev fundet samt detaljerede oplysninger om kvaliteten af forsamlingerne og eventuelle varianter mellem sekventeringslæsningerne og referencegenerne.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::python, User Interface: Command Line, Role: role::program, scope::application, Purpose: Analysing

Other Packages Related to ariba

depends

recommends

suggests

enhances

dep: bowtie2 (>= 2.1.0)

Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner
dep: cd-hit

Programpakke designet til hurtigt at gruppere sekvenser
dep: fastaq (>= 3.12.0)

Manipuleringsværktøjer til FASTA- og FASTQ-filer
dep: libc6 (>= 2.14)

GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
dep: libfml0 (>= 0.1-4~)

Bibliotek til at samle Illumina-korte læsninger i små regioner
dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

GCC støttebibliotek
dep: libminimap0

library for approximate mapping of long biosequences
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

GNU Standard C++ bibliotek v3
dep: mash

Hurtig genom- og metagenomafstandsestimering via MinHash
dep: mummer

Effektiv sekvensjustering for hele genomer
dep: python3

Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af python3

dep: python3 (<< 3.8)

dep: python3 (>= 3.7~)
dep: python3-biopython

Python library for bioinformatics (implemented in Python 3)
dep: python3-bs4

Fejltolerant HTML-fortolker for Python 3
dep: python3-dendropy

DendroPy Phylogenetic Computing Library - Python 3
dep: python3-matplotlib

Pythonbaseret plotsystem i en stil svarende til Matlab - Python 3
dep: python3-pymummer (>= 0.10.2)

Python 3-grænseflade til MUMmer
dep: python3-pysam (>= 0.9.1)

Grænseflade for SAM/BAM-sekvenssammenligning og oversættelsesformatet - Python 3
dep: python3-tk

Tkinter - skrivning af Tk-programmer med Python 3.x
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download ariba

Download for all available architectures
Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1,639.6 kB	17,444.0 kB	[list of files]