Paket: ariba (2.13.3+ds-1)

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Antibiotic Resistance Identification By Assembly

ARIBA is a tool that identifies antibiotic resistance genes by running local assemblies. The input is a FASTA file of reference genes and paired sequencing reads. ARIBA reports which of the reference genes were found, plus detailed information on the quality of the assemblies and any variants between the sequencing reads and the reference genes.

Markierungen: Biologie: Nukleinsäuren, Feld: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::python, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Rolle: role::program, scope::application, Zweck: Analyse

Andere Pakete mit Bezug zu ariba

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: bowtie2 (>= 2.1.0)

Ultraschnelles und speichersparendes Alignmentprogramm für kurze DNA-Sequenzen
dep: cd-hit

Programme zur schnellen Gruppierung von Sequenzen
dep: fastaq (>= 3.12.0)

FASTA and FASTQ file manipulation tools
dep: libc6 (>= 2.14)

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
dep: libfml0 (>= 0.1-4~)

library for assembling Illumina short reads in small regions
dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

GCC Support-Bibliothek
dep: libminimap0

library for approximate mapping of long biosequences
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)
dep: mash

fast genome and metagenome distance estimation using MinHash
dep: mummer

Effizientes Sequenzalignment vollständiger Genome
dep: python3

Interaktive objektorientierte Hochsprache (Python3-Standardversion)

dep: python3 (<< 3.8)

dep: python3 (>= 3.7~)
dep: python3-biopython

Python library for bioinformatics (implemented in Python 3)
dep: python3-bs4

Fehlertoleranter Python-3-HTML-Parser
dep: python3-dendropy

DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)
dep: python3-matplotlib

Python-3-System ähnlich Matlab zur Ausgabe von Zeichnungen
dep: python3-pymummer (>= 0.10.2)

Python 3 interface to MUMmer
dep: python3-pysam (>= 0.9.1)

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: python3-tk

Tkinter - schreiben von Tk-Anwendungen mit Python 3.x
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

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Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	1.639,6 kB	17.444,0 kB	[Liste der Dateien]