[ Source: ariba ]
Package: ariba (2.14.6+ds-1 and others)
Links for ariba
Debian Resources:
Download Source Package ariba:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [github.com]
Similar packages:
Antibiotic Resistance Identification By Assembly
ARIBA er et værktøj til at identificere antibiotikaresistensgener ved at køre lokale forsamlinger. Inddata er en FASTA-fil med referencegener og parrede sekventeringslæsninger. ARIBA rapporterer hvilke af referencegenerne der blev fundet samt detaljerede oplysninger om kvaliteten af forsamlingerne og eventuelle varianter mellem sekventeringslæsningerne og referencegenerne.
Other Packages Related to ariba
|
|
|
|
-
- dep: bowtie2 (>= 2.1.0)
- Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner
-
- dep: cd-hit
- Programpakke designet til hurtigt at gruppere sekvenser
-
- dep: fastaq (>= 3.12.0)
- Manipuleringsværktøjer til FASTA- og FASTQ-filer
-
- dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]
- dep: libc6 (>= 2.4) [mips64el]
-
- dep: libfml0 (>= 0.1-4~)
- Bibliotek til at samle Illumina-korte læsninger i små regioner
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- GCC støttebibliotek
-
- dep: libminimap0 (>= 0.2)
- library for approximate mapping of long biosequences
-
- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- GNU Standard C++ bibliotek v3
-
- dep: mash
- Hurtig genom- og metagenomafstandsestimering via MinHash
-
- dep: mummer
- Effektiv sekvensjustering for hele genomer
-
- dep: python3
- Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3
- dep: python3 (<< 3.10)
- dep: python3 (>= 3.9~)
-
- dep: python3-biopython
- Python 3-bibliotek for bioinformatik
-
- dep: python3-bs4
- Fejltolerant HTML-fortolker for Python 3
-
- dep: python3-dendropy
- DendroPy Phylogenetic Computing Library - Python 3
-
- dep: python3-matplotlib
- Pythonbaseret plotsystem i en stil svarende til Matlab - Python 3
-
- dep: python3-pymummer (>= 0.10.2)
- Python 3-grænseflade til MUMmer
-
- dep: python3-pysam (>= 0.9.1)
- Grænseflade for SAM/BAM-sekvenssammenligning og oversættelsesformatet - Python 3
-
- dep: python3-tk
- Tkinter - skrivning af Tk-programmer med Python 3.x
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- Komprimeringsbibliotek - kørselstid
-
- sug: spades
- Genomsamler for single-celle- og isolates-datasæt
Download ariba
| Architecture | Version | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|---|
| amd64 | 2.14.6+ds-1+b2 | 1,910.7 kB | 20,456.0 kB | [list of files] |
| arm64 | 2.14.6+ds-1+b2 | 1,906.9 kB | 20,436.0 kB | [list of files] |
| mips64el | 2.14.6+ds-1+b2 | 1,906.5 kB | 20,457.0 kB | [list of files] |
| ppc64el | 2.14.6+ds-1+b2 | 1,907.9 kB | 20,532.0 kB | [list of files] |