[ Source: chip-seq ]
Package: chip-seq (1.5.5-3)
Links for chip-seq
Debian Resources:
Download Source Package chip-seq:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [ccg.epfl.ch]
Similar packages:
Værktøjer der udfører gængse ChIP-Seq-dataanalyseopgaver
ChIP-Seq-programmet tilbyder et sæt af værktøjer, der udfører gængse genom-brede ChIP-seq-analyseopgaver, inklusive positionskorrelationsanalyse, højderegistrering og genompartitionering til signalrige og signalfattige regioner. Disse værktøjer findes som enkeltstående C-programmer og udfører følgende opgaver:
1. Positionskorrelationsanalyse og oprettelse af et aggregeringsplot
(AP) (chipcor)
2. Ekstraktion af specifikke genomkommenteringsfunktioner omkring
referenceankerpunkter (chipextract)
3. Læs centrering eller skift (chipcenter)
4. Smalt højdekald ved hjælp af en fast bredde-højdestørrelse (chippeak)
5. Bredt højdekald brugt til store berigelsesregioner (chippart)
6. Funktion til valg af funktioner baseret på en tærskel for læst antal
(chipscore)
Fordi ChIP-Seq-værktøjerne primært er optimeret til hastighed, bruger de deres eget kompakte format til ChIP-seq-datarepræsentation kaldet SGA (Forenklet genomkommentar). SGA er et linjeorienteret, tabulatorafgrænset almindeligt tekstformat.
Other Packages Related to chip-seq
|
|
|
|
-
- dep: chip-seq-data
- Værktøjer der udfører gængse ChIP-Seq-dataanalyseopgaver - data
-
- dep: libc6 (>= 2.17)
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
-
- dep: libmath-round-perl
- Perludvidelse for afrunding af tal
Download chip-seq
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| ppc64el | 104.5 kB | 1,040.0 kB | [list of files] |