Paquet : chip-seq (1.5.5-3)
Liens pour chip-seq
Ressources Debian :
- Rapports de bogues
- Developer Information
- Journal des modifications Debian
- Fichier de licence
- Suivis des correctifs pour Debian
Télécharger le paquet source chip-seq :
Responsables :
Ressources externes :
- Page d'accueil [ccg.epfl.ch]
Paquets similaires :
outils pour des tâches d’analyse des données ordinaires de ChIP-Seq
Le logiciel ChIP-Seq fournit un ensemble d’outils pour des tâches d’analyse de séquençage ChIP pour tout le génome, incluant l’analyse de corrélation de positions, la détection de pics, et la séparation du génome entre des régions riches ou pauvres en signaux. Ces outils existent sous forme de programme C autonomes et réalisent les tâches suivantes :
1. Analyse de corrélation de positions et création d’un tracé d’agrégation (AP) (chipcor) ; 2. Extraction des caractères d’annotation de génome spécifique autour de points d’ancrage de référence (chipextract) ; 3. Lecture du centrage et du décalage (chipcenter) ; 4. Appel de pic étroit en utilisant une taille fixe de largeur (chippeak) ; 5. Appel de pic large utilisé pour de vastes régions d’enrichissement (chippart) ; 6. Outil de sélection de particularité basé sur un seuil de compte (chipscore).
Parce que les outils de ChIP-Seq sont principalement optimisés pour la rapidité, ils utilisent leur propre format compact pour la représentation des données de ChIP-seq appelé SGA (Simplified Genome Annotation). SGA est un format en texte pur, orienté ligne avec des tabulations comme délimitations.
Autres paquets associés à chip-seq
|
|
|
|
-
- dep: chip-seq-data
- tools performing common ChIP-Seq data analysis tasks (data)
-
- dep: libc6 (>= 2.17)
- bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
-
- dep: libmath-round-perl
- Perl extension for rounding numbers
Télécharger chip-seq
Architecture | Taille du paquet | Espace occupé une fois installé | Fichiers |
---|---|---|---|
ppc64el | 104,5 ko | 1 040,0 ko | [liste des fichiers] |