软件包：cufflinks（2.2.1+dfsg.1-8 以及其他的） [non-free]

cufflinks 的相关链接

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主页 [cufflinks.cbcb.umd.edu]

相似软件包：

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Cufflinks assembles transcripts, estimates their abundances, and tests for differential expression and regulation in RNA-Seq samples. It accepts aligned RNA-Seq reads and assembles the alignments into a parsimonious set of transcripts. Cufflinks then estimates the relative abundances of these transcripts based on how many reads support each one.

标签: 生物学: 核酸, 领域: 生物学, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, 角色: 程序, 处理: Biological Sequence

其他与 cufflinks 有关的软件包

依赖

推荐

建议

增强

dep: libboost-serialization1.74.0 (>= 1.74.0)

serialization library for C++
dep: libboost-thread1.74.0 (>= 1.74.0)

portable C++ multi-threading
dep: libc6 (>= 2.29)

GNU C 语言运行库：共享库
同时作为一个虚包由这些包填实： libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 4.0) [amd64, armel, armhf]

GCC 支持库

dep: libgcc-s1 (>= 4.1) [s390x]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel, ppc64el]

dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el]
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

GNU 标准 C++ 库，第3版
dep: python3

交互式高级面向对象语言（默认 python3 版本）
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

压缩库 - 运行时

rec: gffread

GFF/GTF format conversions, region filtering, FASTA sequence extraction

enh: tophat

软件包暂时不可用

下载 cufflinks

下载可用于所有硬件架构的
硬件架构	版本	软件包大小	安装后大小	文件
amd64	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1,500.5 kB	10,384.0 kB	[文件列表]
arm64	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1,390.1 kB	9,869.0 kB	[文件列表]
armel	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1,211.9 kB	9,133.0 kB	[文件列表]
armhf	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1,114.3 kB	6,213.0 kB	[文件列表]
i386	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1,522.5 kB	10,603.0 kB	[文件列表]
mips64el	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1,561.7 kB	15,202.0 kB	[文件列表]
mipsel	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1,500.6 kB	13,369.0 kB	[文件列表]
ppc64el	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1,549.2 kB	13,797.0 kB	[文件列表]
s390x	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1,314.2 kB	10,901.0 kB	[文件列表]