Пакунок: ariba (2.14.6+ds-1 and others)

Links for ariba

Debian Resources:

Download Source Package ariba:

Maintainers:

External Resources:

Homepage [github.com]

Similar packages:

Antibiotic Resistance Identification By Assembly

ARIBA is a tool that identifies antibiotic resistance genes by running local assemblies. The input is a FASTA file of reference genes and paired sequencing reads. ARIBA reports which of the reference genes were found, plus detailed information on the quality of the assemblies and any variants between the sequencing reads and the reference genes.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::python, User Interface: Command Line, Role: role::program, scope::application, Purpose: Analysing

Інші пакунки пов'язані з ariba

depends

recommends

suggests

enhances

dep: bowtie2 (>= 2.1.0)

ultrafast memory-efficient short read aligner
dep: cd-hit

suite of programs designed to quickly group sequences
dep: fastaq (>= 3.12.0)

FASTA and FASTQ file manipulation tools
dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
also a virtual package provided by libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

dep: libc6 (>= 2.4) [mips64el]
dep: libfml0 (>= 0.1-4~)

library for assembling Illumina short reads in small regions
dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

Допоміжна бібліотека GCC
dep: libminimap0 (>= 0.2)

library for approximate mapping of long biosequences
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3
dep: mash

fast genome and metagenome distance estimation using MinHash
dep: mummer

Efficient sequence alignment of full genomes
dep: python3

Інтерактивна обʼєктно-орієнтована мова високого рівня (типова версія „python3“)

dep: python3 (<< 3.10)

dep: python3 (>= 3.9~)
dep: python3-biopython

Python3 library for bioinformatics
dep: python3-bs4

error-tolerant HTML parser for Python 3
dep: python3-dendropy

DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)
dep: python3-matplotlib

Python based plotting system in a style similar to Matlab (Python 3)
dep: python3-pymummer (>= 0.10.2)

Python 3 interface to MUMmer
dep: python3-pysam (>= 0.9.1)

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: python3-tk

Tkinter - Writing Tk applications with Python 3.x
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

sug: spades

genome assembler for single-cell and isolates data sets

Завантажити ariba

Завантаження для всіх доступних архітектур
Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	2.14.6+ds-1+b2	1,910.7 kB	20,456.0 kB	[список файлів]
arm64	2.14.6+ds-1+b2	1,906.9 kB	20,436.0 kB	[список файлів]
mips64el	2.14.6+ds-1+b2	1,906.5 kB	20,457.0 kB	[список файлів]
ppc64el	2.14.6+ds-1+b2	1,907.9 kB	20,532.0 kB	[список файлів]