Balík: cufflinks (2.2.1+dfsg.1-9 a iné) [non-free]

Odkazy pre cufflinks

Zdroje Debian:

Stiahnuť zdrojový balík cufflinks:

Správcovia:

Externé zdroje:

Domovská stránka [cufflinks.cbcb.umd.edu]

Podobné balíky:

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Cufflinks assembles transcripts, estimates their abundances, and tests for differential expression and regulation in RNA-Seq samples. It accepts aligned RNA-Seq reads and assembles the alignments into a parsimonious set of transcripts. Cufflinks then estimates the relative abundances of these transcripts based on how many reads support each one.

This package provides the binary of cufflinks and associated tools, i.e. compress_gtf, cuffcompare, cuffdiff, cuffmerge, cuffnorm, cuffquant and gtf_to_sam.

Značky: Biológia: Nucleic Acids, Pole: Biológia, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Role: Program, Works with: Biologické sekvencie

Ostatné balíky súvisiace s balíkom cufflinks

závisí

odporúča

navrhuje

vylepšuje

dep: libboost-serialization1.83.0 (>= 1.83.0)

knižnica na serializáciu pre C++
dep: libboost-thread1.83.0 (>= 1.83.0)

portabilný multi-threading pre C++
dep: libc6 (>= 2.34)

knižnica GNU C - zdieľané knižnice
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 4.0) [amd64, armel, armhf]

podporná knižnica GCC

dep: libgcc-s1 (>= 4.1) [s390x]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ppc64el]

dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el]

dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

štandardná knižnica C++ GNU v3
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

komprimačná knižnica - dynamická verzia

rec: gffread

GFF/GTF format conversions, region filtering, FASTA sequence extraction

enh: tophat

Balík nie je dostupný

Stiahnuť cufflinks

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry
Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
amd64	2.2.1+dfsg.1-9+b1	1,515.8 kB	10,573.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	2.2.1+dfsg.1-9+b1	1,406.4 kB	10,471.0 kB	[zoznam súborov]
armel	2.2.1+dfsg.1-9+b1	1,246.6 kB	9,506.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	2.2.1+dfsg.1-9+b1	1,138.5 kB	6,422.0 kB	[zoznam súborov]
i386	2.2.1+dfsg.1-9+b1	1,538.5 kB	10,692.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	2.2.1+dfsg.1-9+b1	1,559.0 kB	15,287.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	2.2.1+dfsg.1-9+b1	1,519.6 kB	13,479.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	2.2.1+dfsg.1-9+b1	1,464.1 kB	11,663.0 kB	[zoznam súborov]