Balík: sga (0.10.15-7 a iné)

Odkazy pre sga

Zdroje Debian:

Stiahnuť zdrojový balík sga:

Správcovia:

Externé zdroje:

Domovská stránka [github.com]

Podobné balíky:

de novo genome assembler that uses string graphs

The major goal of SGA is to be very memory efficient, which is achieved by using a compressed representation of DNA sequence reads.

SGA is a de novo assembler for DNA sequence reads. It is based on Gene Myers' string graph formulation of assembly and uses the FM-index/Burrows-Wheeler transform to efficiently find overlaps between sequence reads.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom sga

závisí

odporúča

navrhuje

vylepšuje

dep: libbamtools2.4.0 [hppa, ppc64, sparc64]

Balík nie je dostupný
dep: libbamtools2.5.1 [sh4]

Balík nie je dostupný
dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg) [nie hppa, ppc64, sh4, sparc64]

dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files
dep: libc6 (>= 2.23) [hppa, ppc64, sparc64]

knižnica GNU C - zdieľané knižnice
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.27) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, hppa, ia64, ppc64, sh4, sparc64]
dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

knižnica GNU C - zdieľané knižnice
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, x32]

podporná knižnica GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

podporná knižnica GCC
dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [ppc64]

Balík nie je dostupný

dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sh4, sparc64]
dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

Balík nie je dostupný
dep: libgomp1 (>= 4.9) [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

podporná knižnica GCC OpenMP (GOMP)

dep: libgomp1 (>= 6) [nie hppa, ppc64, sh4, sparc64]
dep: libstdc++6 (>= 11) [nie alpha, hppa, ppc64, riscv64, sh4, sparc64]

štandardná knižnica C++ GNU v3

dep: libstdc++6 (>= 13.1) [alpha, riscv64]

dep: libstdc++6 (>= 5.2) [hppa, ppc64, sh4, sparc64]
dep: libunwind8 [ia64]

nnižnica na určenie na určenie postupnosti volania programu - dynamické súbory
dep: perl [nie hppa, ppc64, sh4, sparc64]

Practical Extraction and Report Language od Larryho Walla
dep: python [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

Balík nie je dostupný
dep: python-pysam [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

Balík nie je dostupný
dep: python-ruffus [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

Balík nie je dostupný
dep: python3 [nie hppa, ppc64, sh4, sparc64]

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
dep: python3-pysam [nie hppa, ppc64, sh4, sparc64]

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: python3-ruffus [nie hppa, ppc64, sh4, sparc64]

knižnica výpočtovej linky v jazyku Python 3 široko využívaná v bioinformatike
dep: samtools

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

komprimačná knižnica - dynamická verzia

rec: abyss [nie sh4]

de novo, parallel, sequence assembler for short reads

rec: abyss (>= 2.0.2-1) [sh4]

sug: abyss (>= 1.5.2-2)

de novo, parallel, sequence assembler for short reads

Stiahnuť sga

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry
Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	0.10.15-7	755.4 kB	2,753.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	0.10.15-7+b1	812.5 kB	2,432.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	0.10.15-7+b1	580.5 kB	1,792.0 kB	[zoznam súborov]
armel	0.10.15-7+b1	564.3 kB	1,727.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	0.10.15-7+b1	582.9 kB	1,279.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	0.10.14-2	977.9 kB	2,993.0 kB	[zoznam súborov]
i386	0.10.15-7+b1	876.3 kB	2,607.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	0.10.15-7+b1	1,025.2 kB	4,829.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	0.10.15-7+b1	775.3 kB	2,407.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	0.10.15-7+b1	745.3 kB	3,062.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	0.10.14-2	735.4 kB	2,620.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	0.10.15-7+b1	692.6 kB	2,304.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	0.10.15-7+b1	663.5 kB	1,496.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	0.10.15-4	1,052.2 kB	2,782.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	0.10.14-2	770.0 kB	2,627.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	0.10.15-7+b1	817.2 kB	2,291.0 kB	[zoznam súborov]