Balík: seaview (1:4.7-1)

Odkazy pre seaview

Zdroje Debian:

Stiahnuť zdrojový balík seaview:

Správcovia:

Externé zdroje:

Domovská stránka [doua.prabi.fr]

Podobné balíky:

multiplatformné rozhranie na zarovnanie sekvencií a fylogenetiku

SeaView číta a zapisuje rôzne formáty súborov (NEXUS, MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE, Newick) sekvencií DNA a bielkovín a fylogenetických stromov. Zarovnania je možné ručne upravovať. Riadi programy Muscle alebo Clustal Omega na viacnásobné zarovnanie sekvencií a tiež umožňuje používať akýkoľvek externý algoritmus na zarovnanie na čítanie a zápis súborov vo formáte FASTA. Počíta fylogenetické stromy s šetrnosťou pomocou algoritmu PHYLIP dnapars/protpars, podľa vzdialenosti pomocou algoritmov NJ alebo BioNJ na rôznych evolučných vzdialenostiach alebo podľa maximálnej pravdepodobnosti pomocou programu PhyML 3.0. SeaView kreslí fylogenetické stromy na obrazovku alebo do súborov PostScript a umožňuje sťahovať sekvencie z EMBL/GenBank/UniProt cez internet.

Značky: Pole: Biológia, Bioinformatika, Implementované v: implemented-in::c, implemented-in::c++, User Interface: Príkazový riadok, interface::graphical, interface::x11, Networking: Klient, Network Protocol: Need an extra tag, Role: role::program, scope::utility, Sada nástrojov používateľského rozhrania: FLTK, Purpose: Need an extra tag, use::comparing, use::editing, Printing, use::viewing, works-with-format::plaintext, Works with: works-with::biological-sequence, x11::application

Ostatné balíky súvisiace s balíkom seaview

závisí

odporúča

navrhuje

vylepšuje

dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

knižnica GNU C - zdieľané knižnice
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

dep: libc6 (>= 2.7) [armhf, i386]
dep: libfltk-images1.3

Fast Light Toolkit - podpora načítavania obrázkov
dep: libfltk1.3 (>= 1.3.4)

Fast Light Toolkit - hlavná zdieľaná knižnica
dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [nie armhf]

podporná knižnica GCC

dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]
dep: libstdc++6 (>= 5)

štandardná knižnica C++ GNU v3
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

komprimačná knižnica - dynamická verzia

rec: clustalo

všeobecný program na viacnásobné zarovnávanie sekvencií bielkovín
rec: muscle

Multiple alignment program of protein sequences
rec: phyml

Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood

Stiahnuť seaview

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry
Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
amd64	340.5 kB	849.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	313.1 kB	821.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	289.8 kB	579.0 kB	[zoznam súborov]
i386	357.7 kB	899.0 kB	[zoznam súborov]