Balík: pirs (2.0.2+dfsg-11)
Odkazy pre pirs
Zdroje Debian:
Stiahnuť zdrojový balík pirs:
Správcovia:
Externé zdroje:
- Domovská stránka [github.com]
Podobné balíky:
Profile based Illumina pair-end Reads Simulator
The program pIRS can be used for simulating Illumina PE reads, with a series of characters generated by Illumina sequencing platform, such as insert size distribution, sequencing error(substitution, insertion, deletion), quality score and GC content-coverage bias.
The insert size follows a normal distribution, so users should set the mean value and standard deviation. Usually the standard deviation is set as 1/20 of the mean value. The normal distribution by Box-Muller method is simulated.
The program simulates sequencing error, quality score and GC content- coverage bias according to the empirical distribution profile. Some default profiles counted from lots of real sequencing data are provided.
To simulate reads from diploid genome, users should simulate the diploid genome sequence firstly by setting the ratio of heterozygosis SNP, heterozygosis InDel and structure variation.
Ostatné balíky súvisiace s balíkom pirs
|
|
|
|
-
- dep: fonts-liberation
- písma s rovnakou metrikou ako Times, Arial a Courier
-
- dep: gnuplot
- program na interaktívne kreslenie riadený z príkazového riadka
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11
-
- dep: libc6 (>= 2.29)
- knižnica GNU C - zdieľané knižnice
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf, i386, mipsel]
- podporná knižnica GCC
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]
-
- dep: libgomp1 (>= 4.9)
- podporná knižnica GCC OpenMP (GOMP)
-
- dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)
- provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream
-
- dep: libstdc++6 (>= 11)
- štandardná knižnica C++ GNU v3
-
- dep: pirs-profiles
- profile basd Illumina pair-end Reads Simulator (profile data)
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)
- komprimačná knižnica - dynamická verzia
Stiahnuť pirs
| Architektúra | Veľkosť balíka | Nainštalovaná veľkosť | Súbory |
|---|---|---|---|
| amd64 | 114.9 kB | 395.0 kB | [zoznam súborov] |
| arm64 | 106.4 kB | 423.0 kB | [zoznam súborov] |
| armel | 102.8 kB | 421.0 kB | [zoznam súborov] |
| armhf | 102.6 kB | 357.0 kB | [zoznam súborov] |
| i386 | 123.2 kB | 405.0 kB | [zoznam súborov] |
| mips64el | 115.6 kB | 498.0 kB | [zoznam súborov] |
| mipsel | 117.6 kB | 431.0 kB | [zoznam súborov] |
| ppc64el | 117.2 kB | 423.0 kB | [zoznam súborov] |
| s390x | 107.4 kB | 387.0 kB | [zoznam súborov] |