Пакет: murasaki-mpi (1.68.6-14)

Ссылки для murasaki-mpi

Ресурсы Debian:

Исходный код murasaki:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [murasaki.dna.bio.keio.ac.jp]

Подобные пакеты:

homology detection tool across multiple large genomes (MPI-version)

Murasaki is a scalable and fast, language theory-based homology detection tool across multiple large genomes. It enable whole-genome scale multiple genome global alignments. Supports unlimited length gapped-seed patterns and unique TF-IDF based filtering.

Murasaki is an anchor alignment software, which is

 * exteremely fast (17 CPU hours for whole Human x Mouse genome (with
   40 nodes: 52 wall minutes))
 * scalable (Arbitrarily parallelizable across multiple nodes using MPI.
   Even a single node with 16GB of ram can handle over 1Gbp of sequence.)
 * unlimited pattern length
 * repeat tolerant
 * intelligent noise reduction

This package provides the MPI-enabled binary for murasaki. While this will speed up operation on multi-processor machines it will slow down on a single processor.

Другие пакеты, относящиеся к murasaki-mpi

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0)

filesystem operations (portable paths, iteration over directories, etc) in C++
dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0)

библиотека Boost.Iostreams
dep: libc6 (>= 2.38)

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

вспомогательная библиотека GCC
dep: libmpich12

Shared libraries for MPICH
dep: libstdc++6 (>= 14)

стандартная библиотека GNU C++ версии 3
dep: murasaki-common

homology detection tool across multiple large genomes (common files)

Загрузка murasaki-mpi

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
armel	492,4 Кб	3 433,0 Кб	[список файлов]