Пакет: python-cogent (1.9-14)

Ссылки для python-cogent

Ресурсы Debian:

Исходный код python-cogent:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [pycogent.org]

Подобные пакеты:

framework for genomic biology

PyCogent is a software library for genomic biology. It is a fully integrated and thoroughly tested framework for:

 * controlling third-party applications,
 * devising workflows; querying databases,
 * conducting novel probabilistic analyses of biological sequence
   evolution, and
 * generating publication quality graphics.

It is distinguished by many unique built-in capabilities (such as true codon alignment) and the frequent addition of entirely new methods for the analysis of genomic data.

Теги: Биология: Протеины, Разработка программного обеспечения: Разработка на Python, Библиотеки, Область: field::biology, field::biology:bioinformatics, Реализовано на: implemented-in::python, interface::commandline, Роль: Библиотека разработчика, Программа, Цель: use::analysing, use::comparing

Другие пакеты, относящиеся к python-cogent

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

dep: libc6 (>= 2.4) [armhf, i386]
dep: python

интерактивный объектно-ориентированный язык высокого уровня (ветка 2.x)

dep: python (<< 2.8)

dep: python (>= 2.7~)
dep: python-matplotlib

Python based plotting system in a style similar to Matlab
dep: python-numpy (>= 1:1.16.0~rc1)

быстрые методы работы с числовыми массивами – модуль для языка Python
dep: python-numpy-abi9

виртуальный пакет, предоставляемый python-numpy

rec: blast2

пустой переходный пакет для ncbi-blash+-legacy
rec: bwa [amd64]

Burrows-Wheeler Aligner
rec: cd-hit

suite of programs designed to quickly group sequences
rec: clearcut

extremely efficient phylogenetic tree reconstruction
rec: dialign

Segment-based multiple sequence alignment
rec: muscle

Multiple alignment program of protein sequences

sug: cdbfasta

Constant DataBase indexing and retrieval tools for multi-FASTA files
sug: clustalw

global multiple nucleotide or peptide sequence alignment
sug: fasttree

phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences
sug: infernal [amd64, i386]

inference of RNA secondary structural alignments
sug: mafft

Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences
sug: mothur

sequence analysis suite for research on microbiota
sug: parsinsert

Parsimonious Insertion of unclassified sequences into phylogenetic trees
sug: python-cogent-doc

docs for python-cogent
sug: raxml [amd64, i386]

синтез филогенетических деревьев по методу максимального правдоподобия
sug: rdp-classifier

extensible sequence classifier for fungal lsu, bacterial and archaeal 16s
sug: rtax

Classification of sequence reads of 16S ribosomal RNA gene

Загрузка python-cogent

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	2 424,4 Кб	7 794,0 Кб	[список файлов]
arm64	2 378,8 Кб	7 680,0 Кб	[список файлов]
armhf	2 383,5 Кб	7 349,0 Кб	[список файлов]
i386	2 394,6 Кб	7 765,0 Кб	[список файлов]