Пакет: pirs (2.0.2+dfsg-9)

Ссылки для pirs

Ресурсы Debian:

Исходный код pirs:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [github.com]

Подобные пакеты:

Profile based Illumina pair-end Reads Simulator

The program pIRS can be used for simulating Illumina PE reads, with a series of characters generated by Illumina sequencing platform, such as insert size distribution, sequencing error(substitution, insertion, deletion), quality score and GC content-coverage bias.

The insert size follows a normal distribution, so users should set the mean value and standard deviation. Usually the standard deviation is set as 1/20 of the mean value. The normal distribution by Box-Muller method is simulated.

The program simulates sequencing error, quality score and GC content- coverage bias according to the empirical distribution profile. Some default profiles counted from lots of real sequencing data are provided.

To simulate reads from diploid genome, users should simulate the diploid genome sequence firstly by setting the ratio of heterozygosis SNP, heterozygosis InDel and structure variation.

Другие пакеты, относящиеся к pirs

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: fonts-liberation

Fonts with the same metrics as Times, Arial and Courier
dep: gnuplot

утилита для построения графиков с интерфейсом командной строки
также виртуальный пакет, предоставляемый gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11
dep: libc6 (>= 2.29)

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не armel, armhf, i386, mipsel]

вспомогательная библиотека GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]
dep: libgomp1 (>= 4.9)

вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)
dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

стандартная библиотека GNU C++ версии 3
dep: pirs-profiles

profile basd Illumina pair-end Reads Simulator (profile data)
dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)

библиотека сжатия

Загрузка pirs

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	113,3 Кб	392,0 Кб	[список файлов]
arm64	105,1 Кб	364,0 Кб	[список файлов]
armel	101,5 Кб	350,0 Кб	[список файлов]
armhf	101,4 Кб	302,0 Кб	[список файлов]
i386	121,7 Кб	402,0 Кб	[список файлов]
mips64el	114,1 Кб	427,0 Кб	[список файлов]
mipsel	116,6 Кб	412,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	115,1 Кб	420,0 Кб	[список файлов]
s390x	106,1 Кб	384,0 Кб	[список файлов]