Package: pirs (2.0.2+dfsg-9)
Links for pirs
Debian Resources:
Download Source Package pirs:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [github.com]
Similar packages:
Profilbaseret Illumina-læsesimulator for pair-end
Programmet pIRS kan bruges til at simulere Illumina PE-læsninger, med en serie af tegn oprettet af Illumina-sekventeringsplatformen, såsom indsæt størrelsesdistribution, sekventeringsfejl (erstatning, indsættelse, sletning), kvalitetsbedømmelse og GC content-coverage-bias.
Indsæt-størrelsen følger en normal distribution, så brugere bør sætte middelværdien og standardafledningen. Normalt er standardafledningen sat som 1/20 af middelværdien. Normaldistributionen af Box-Muller-metoden er simuleret.
Programmet simulerer sekventeringsfejl, kvalitetsbedømmelse og GC content-coverage-bias jævnfør den empiriske distributionsprofil. Nogle standardprofiler talt fra en masse reelle sekventeringsdata tilbydes.
For at simulere læsninger fra diploid-genom bør brugere simulere diploid-genomsekvensen først ved at angive forholdet for heterozygosis SNP, heterozgyosis InDel og strukturvariation.
Other Packages Related to pirs
|
|
|
|
-
- dep: fonts-liberation
- Skrifttyper med den samme måleenhed som Times, Arial og Courier
-
- dep: gnuplot
- Kommandolinjedrevet interaktivt grafprogram
also a virtual package provided by gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11
-
- dep: libc6 (>= 2.29)
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, i386, mipsel]
- GCC støttebibliotek
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]
-
- dep: libgomp1 (>= 4.9)
- GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)
-
- dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)
- Tilbyd funktionalitet for zlib C-bibliotek i en C++-iostrøm
-
- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- GNU Standard C++ bibliotek v3
-
- dep: pirs-profiles
- profile basd Illumina pair-end Reads Simulator (profile data)
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)
- Komprimeringsbibliotek - kørselstid
Download pirs
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| amd64 | 113.3 kB | 392.0 kB | [list of files] |
| arm64 | 105.1 kB | 364.0 kB | [list of files] |
| armel | 101.5 kB | 350.0 kB | [list of files] |
| armhf | 101.4 kB | 302.0 kB | [list of files] |
| i386 | 121.7 kB | 402.0 kB | [list of files] |
| mips64el | 114.1 kB | 427.0 kB | [list of files] |
| mipsel | 116.6 kB | 412.0 kB | [list of files] |
| ppc64el | 115.1 kB | 420.0 kB | [list of files] |
| s390x | 106.1 kB | 384.0 kB | [list of files] |