Paketti: samtools (1.11-1)

Links for samtools

Debian-palvelut:

Imuroi lähdekoodipaketti samtools:

Ylläpitäjät:

External Resources:

Kotisivu [www.htslib.org]

Samankaltaisia paketteja:

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

Tagit: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Networking: Client, Network Protocol: FTP, protocol::http, role::program, Scope: Utility, Interface Toolkit: Ncurses TUI, Purpose: use::analysing, use::calculating, Filtering, Works with: Biological Sequence

Muut pakettiin samtools liittyvät paketit

depends

recommends

suggests

enhances

dep: libc6 (>= 2.29)

GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb
dep: libhts3 (>= 1.11)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libncurses6 (>= 6)

jaetut kirjastot päätteen hallintaan
dep: libtinfo6 (>= 6)

Jaettu matalan abstraktiotason terminfo-kirjasto päätteen käsittelyyn
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [ei armel, armhf, i386, mipsel]

pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, i386, mipsel]

sug: cwltool

Common Workflow Language reference implementation

Imuroi samtools

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille
Arkkitehtuuri	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
amd64	531.8 kt	1,201.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	513.2 kt	1,149.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	503.0 kt	1,134.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	507.0 kt	978.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	562.3 kt	1,306.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	518.2 kt	1,281.0 kt	[tiedostoluettelo]
mipsel	525.7 kt	1,240.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	559.1 kt	1,669.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	512.5 kt	1,229.0 kt	[tiedostoluettelo]