Package: exonerate (2.4.0-5)

ferramenta genérica para comparação de pares de sequências

Com o Exonerate você pode alinhar sequências usando muitos modelos de alinhamento, usando ou programação dinâmica exaustiva, ou uma variedade de heurísticas. Muito da funcionalidade do conjunto de programação dinâmica Wise foi reimplementada em C para aumento de eficiência. O Exonerate é um componente intrínseco da construção de bases de dados de genoma Ensembl, fornecendo contagens de semelhanças entre sequências de RNA e DNA e assim determinar variantes splice e sequências de códigos em geral.

Um Sistema de Simulação de Experiência PCR In-silico (In-silico PCR Experiment Simulation System, veja o manual do ipcress) é empacotado com o exonerate.

Este pacote também vem com uma selecção de utilitários para realizar manipulações simples rapidamente em ficheiros fasta para lá dos 2Gb.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::TODO, use::searching, Supports Format: Need an extra tag, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

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