Pacote: samtools (1.16.1-1)

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Mantenedores(as):

Fontes externas:

Pagina principal [www.htslib.org]

Pacotes similares:

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

Etiquetas: Campo: Biologia, Bioinformática, Implementado em: implemented-in::c, interface::commandline, Rede: Cliente, Protocolos de rede: FTP, protocol::http, role::program, Alcance: Utilitários, Kit de ferramentas de interface: Ncurses TUI, Propósito: use::analysing, use::calculating, Filtro, Funciona com: Sequência biológica

Outros pacotes relacionados a samtools

depende

recomenda

sugere

melhora

dep: libc6 (>= 2.34)

GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb
dep: libhts3 (>= 1.16)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libncurses6 (>= 6)

bibliotecas compartilhadas para manipulação do terminal
dep: libtinfo6 (>= 6)

biblioteca de terminfo de baixo-nível compartilhada para manipulação de terminal
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [não armel, armhf, i386, mipsel]

biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, i386, mipsel]

sug: cwltool

Common Workflow Language reference implementation

Download de samtools

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis
Arquitetura	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
amd64	592.4 kB	1,304.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	566.4 kB	1,580.0 kB	[lista de arquivos]
armel	558.8 kB	1,573.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	561.4 kB	1,445.0 kB	[lista de arquivos]
i386	622.1 kB	1,417.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	572.9 kB	1,729.0 kB	[lista de arquivos]
mipsel	581.2 kB	1,659.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	614.7 kB	1,836.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	566.6 kB	1,332.0 kB	[lista de arquivos]