Pakiet: sra-toolkit (3.0.3+dfsg-9)

Odnośniki dla sra-toolkit

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego sra-sdk:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [github.com]

Podobne pakiety:

Narzędzia do Sequence Read Archive z NCBI

Narzędzia do odczytywania archiwum SRA, zazwyczaj poprzez konwersję poszczególnych przebiegów do niektórych powszechnie używanych formatów, takich jak fastq.

Narzędzia do tekstowych zrzutów: sra-dump i vdb-dump zostały zamieszczone w tym wydaniu jako pomoc w kontroli wizualnej. Jest prawdopodobne, że efektywne formatowanie ich danych wyjściowych zostanie zmienione w najbliższej przyszłości do bardziej restrykcyjnych i sformalizowanych reprezentacji. PROSIMY NIE POLEGAĆ NA FORMACIE WYJŚCIOWYM POSTRZEGANYM W TYM WYDANIU.

Inne narzędzia dystrybuowane w tym pakiecie to:

 abi-dump, abi-load,
 align-info,
 bam-load,
 cache-mgr,
 cg-load,
 copycat,
 fasterq-dump,
 fastq-dump, fastq-load,
 helicos-load,
 illumina-dump, illumina-load,
 kar,
 kdbmeta,
 latf-load,
 pacbio-load,
 prefetch,
 rcexplain,
 remote-fuser,
 sff-dump, sff-load,
 sra-pileup, sra-sort, sra-stat, srapath,
 srf-load,
 test-sra,
 vdb-config, vdb-copy, vdb-decrypt, vdb-encrypt, vdb-get, vdb-lock,
 vdb-passwd, vdb-unlock i vdb-validate.

Informacje związane z opcją "help" zostaną ulepszone w wydaniach, które pojawią się w niedalekiej przyszłości, a opcje narzędzi zostaną znormalizowane w całym zestawie. Dodatkowa dokumentacja znajduje się również na stronie NCBI.

Opcje narzędzi mogą ulec zmianie w następnym wydaniu. W miarę możliwości opcje narzędzi z 1 wydania będą nadal obsługiwane, aby zachować możliwość funkcjonowania istniejących skryptów.

Inne pakiety związane z sra-toolkit

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libabsl20230802 (>= 20230802.0-1)

extensions to the C++ standard library
dep: libbz2-1.0

Wysokiej jakości biblioteka kompresji plików - wersja uruchomieniowa
dep: libc6 (>= 2.38)

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64]

Biblioteka wspomagająca GCC

dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64]
dep: libhdf5-103-1t64

HDF5 C runtime files - serial version
dep: libmagic1t64 (>= 5.12)

Rozpoznawanie typu danych w pliku za pomocą "magicznych" liczb - biblioteka
dep: libncbi-vdb3 (>= 3.0.2+dfsg)

libraries for using data in the INSDC Sequence Read Archives
dep: libncbi-wvdb3 (>= 3.0.2+dfsg)

virtual layer update module of ncbi-vdb library
dep: libre2-11-absl20230802

pakiet wirtualny udostępniany przez libre2-11
dep: libssl3t64 (>= 3.0.0)

Zestaw narzędzi Secure Sockets Layer - biblioteki współdzielone
dep: libstdc++6 (>= 14)

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
dep: libxml2 (>= 2.7.4)

Biblioteka GNOME XML
dep: zlib1g (>= 1:1.2.2)

Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

rec: med-config

Debian Med general config package

Pobieranie sra-toolkit

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	6 676,1 KiB	17 481,0 KiB	[lista plików]
arm64	6 450,4 KiB	19 126,0 KiB	[lista plików]