Pakiet: sra-toolkit (3.0.3+dfsg-7 i inne)
Odnośniki dla sra-toolkit
Zasoby systemu Debian:
- Raporty o błędach
- Developer Information
- Dziennik zmian w systemie Debian
- Informacje nt. praw autorskich
- Śledzenie łatek systemu Debian
Pobieranie pakietu źródłowego sra-sdk:
Opiekunowie:
- Debian Med Packaging Team (Strona QA, Archiwum e-mail)
- Charles Plessy (Strona QA)
- Andreas Tille (Strona QA)
- Aaron M. Ucko (Strona QA)
Zasoby zewnętrzne:
- Strona internetowa [github.com]
Podobne pakiety:
utilities for the NCBI Sequence Read Archive
Tools for reading the SRA archive, generally by converting individual runs into some commonly used format such as fastq.
The textual dumpers "sra-dump" and "vdb-dump" are provided in this release as an aid in visual inspection. It is likely that their actual output formatting will be changed in the near future to a stricter, more formalized representation[s]. PLEASE DO NOT RELY UPON THE OUTPUT FORMAT SEEN IN THIS RELEASE.
Other tools distributed in this package are:
abi-dump, abi-load align-info bam-load cache-mgr cg-load copycat fasterq-dump fastq-dump, fastq-load helicos-load illumina-dump, illumina-load kar kdbmeta latf-load pacbio-load prefetch rcexplain remote-fuser sff-dump, sff-load sra-pileup, sra-sort, sra-stat, srapath srf-load test-sra vdb-config, vdb-copy, vdb-decrypt, vdb-encrypt, vdb-get, vdb-lock, vdb-passwd, vdb-unlock, vdb-validate
The "help" information will be improved in near future releases, and the tool options will become standardized across the set. More documentation will also be provided documentation on the NCBI web site.
Tool options may change in the next release. Version 1 tool options will remain supported wherever possible in order to preserve operation of any existing scripts.
Inne pakiety związane z sra-toolkit
|
|
|
|
-
- dep: libabsl20230802 (>= 20230802.0-1) [nie x32]
- extensions to the C++ standard library
-
- dep: libbz2-1.0
- Wysokiej jakości biblioteka kompresji plików - wersja uruchomieniowa
-
- dep: libc6 (>= 2.16) [x32]
- Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.38) [nie x32]
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64]
- Biblioteka wspomagająca GCC
- dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64]
-
- dep: libhdf5-103-1t64 [nie x32]
- HDF5 C runtime files - serial version
-
- dep: libmagic1t64 (>= 5.12) [nie x32]
- Rozpoznawanie typu danych w pliku za pomocą "magicznych" liczb - biblioteka
-
- dep: libncbi-vdb3 (>= 3.0.2+dfsg) [nie x32]
- libraries for using data in the INSDC Sequence Read Archives
-
- dep: libncbi-wvdb3 (>= 3.0.2+dfsg) [nie x32]
- virtual layer update module of ncbi-vdb library
-
- dep: libre2-11-absl20230802 [nie x32]
- pakiet wirtualny udostępniany przez libre2-11
-
- dep: libssl3t64 (>= 3.0.0) [nie x32]
- Zestaw narzędzi Secure Sockets Layer - biblioteki współdzielone
-
- dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nie x32]
- Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
-
- dep: libxml2 (>= 2.6.27) [x32]
- Biblioteka GNOME XML
- dep: libxml2 (>= 2.7.4) [nie x32]
-
- dep: sra-toolkit-libs0 [x32]
- Libraries for the SRA Toolkit
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [x32]
- Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.2) [nie x32]
-
- rec: med-config
- Debian Med general config package
Pobieranie sra-toolkit
Architektura | Wersja | Rozmiar pakietu | Rozmiar po instalacji | Pliki |
---|---|---|---|---|
amd64 | 3.0.3+dfsg-7+b1 | 6 638,0 KiB | 17 370,0 KiB | [lista plików] |
arm64 | 3.0.3+dfsg-7+b1 | 6 415,5 KiB | 18 996,0 KiB | [lista plików] |
x32 (port nieoficjalny) | 2.3.5-2+dfsg-1 | 891,0 KiB | 4 605,0 KiB | [lista plików] |