Pakiet: mira-assembler (4.9.6-11)

Odnośniki dla mira-assembler

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego mira:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [sourceforge.net]

Podobne pakiety:

Whole Genome Shotgun and EST Sequence Assembler

The mira genome fragment assembler is a specialised assembler for sequencing projects classified as 'hard' due to high number of similar repeats. For expressed sequence tags (ESTs) transcripts, miraEST is specialised on reconstructing pristine mRNA transcripts while detecting and classifying single nucleotide polymorphisms (SNP) occurring in different variations thereof.

The assembler is routinely used for such various tasks as mutation detection in different cell types, similarity analysis of transcripts between organisms, and pristine assembly of sequences from various sources for oligo design in clinical microarray experiments.

The package provides the following executables: Binaries provided:

 * mira: for assembly of genome sequences
 * miramem: estimating memory needed to assemble projects.
 * mirabait: a "grep" like tool to select reads with kmers up to 256 bases.
 * miraconvert: is a tool to convert, extract and sometimes recalculate all
   kinds of data related to sequence assembly files.

Znaczniki: Rola: Program

Inne pakiety związane z mira-assembler

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

filesystem operations (portable paths, iteration over directories, etc) in C++
dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0) [nie x32]

filesystem operations (portable paths, iteration over directories, etc) in C++
dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0) [sparc64]

Biblioteka Boost.Iostreams
dep: libboost-regex1.74.0-icu72 [x32]

pakiet wirtualny udostępniany przez libboost-regex1.74.0
dep: libboost-regex1.83.0-icu72 [sparc64]

pakiet wirtualny udostępniany przez libboost-regex1.83.0
dep: libboost-system1.83.0 (>= 1.83.0) [sparc64]

Operating system (e.g. diagnostics support) library
dep: libboost-thread1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

portable C++ multi-threading
dep: libboost-thread1.83.0 (>= 1.83.0) [nie x32]

portable C++ multi-threading
dep: libbz2-1.0 [sparc64]

Wysokiej jakości biblioteka kompresji plików - wersja uruchomieniowa
dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, sh4]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libexpat1 (>= 2.0.1)

Biblioteka C do parsowania XML-a - biblioteka uruchomieniowa
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

Biblioteka wspomagająca GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]

dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [riscv64]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

Biblioteka wspomagająca GCC
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

Biblioteka wspomagająca GCC
dep: libgomp1 (>= 4.9)

Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
dep: libunwind8 [ia64]

Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe
dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

rec: mira-rfam-12s-rrna

extract of RFAM 12 rRNA database

sug: mira-doc

documentation for the mira assembler

Pobieranie mira-assembler

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	2 591,6 KiB	8 357,0 KiB	[lista plików]
amd64	2 507,6 KiB	7 996,0 KiB	[lista plików]
arm64	2 234,0 KiB	7 008,0 KiB	[lista plików]
armel	2 145,5 KiB	7 031,0 KiB	[lista plików]
armhf	2 102,0 KiB	5 119,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	2 454,6 KiB	7 599,0 KiB	[lista plików]
i386	2 401,7 KiB	8 227,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	3 535,0 KiB	14 730,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	2 175,7 KiB	7 707,0 KiB	[lista plików]
mips64el	2 301,6 KiB	8 737,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	2 395,3 KiB	8 224,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	2 535,8 KiB	8 096,0 KiB	[lista plików]
riscv64	2 690,3 KiB	6 472,0 KiB	[lista plików]
s390x	1 967,3 KiB	7 400,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	2 911,8 KiB	6 749,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	1 985,1 KiB	7 338,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	2 504,1 KiB	7 789,0 KiB	[lista plików]