[ Pakiet źródłowy: mira ]
Pakiet: mira-assembler (4.9.6-5 i inne)
Odnośniki dla mira-assembler
Zasoby systemu Debian:
- Raporty o błędach
- Developer Information
- Dziennik zmian w systemie Debian
- Informacje nt. praw autorskich
- Śledzenie łatek systemu Debian
Pobieranie pakietu źródłowego mira:
Opiekunowie:
- Debian Med Packaging Team (Strona QA, Archiwum e-mail)
- Charles Plessy (Strona QA)
- Steffen Moeller (Strona QA)
- Tim Booth (Strona QA)
- Andreas Tille (Strona QA)
- Thorsten Alteholz (Strona QA)
- Michael R. Crusoe (Strona QA)
Zasoby zewnętrzne:
- Strona internetowa [sourceforge.net]
Podobne pakiety:
Whole Genome Shotgun and EST Sequence Assembler
The mira genome fragment assembler is a specialised assembler for sequencing projects classified as 'hard' due to high number of similar repeats. For expressed sequence tags (ESTs) transcripts, miraEST is specialised on reconstructing pristine mRNA transcripts while detecting and classifying single nucleotide polymorphisms (SNP) occurring in different variations thereof.
The assembler is routinely used for such various tasks as mutation detection in different cell types, similarity analysis of transcripts between organisms, and pristine assembly of sequences from various sources for oligo design in clinical microarray experiments.
The package provides the following executables: Binaries provided:
* mira: for assembly of genome sequences * miramem: estimating memory needed to assemble projects. * mirabait: a "grep" like tool to select reads with kmers up to 256 bases. * miraconvert: is a tool to convert, extract and sometimes recalculate all kinds of data related to sequence assembly files.
Inne pakiety związane z mira-assembler
|
|
|
|
-
- dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0)
- filesystem operations (portable paths, iteration over directories, etc) in C++
-
- dep: libboost-regex1.74.0-icu67
- pakiet wirtualny udostępniany przez libboost-regex1.74.0
-
- dep: libboost-thread1.74.0 (>= 1.74.0)
- portable C++ multi-threading
-
- dep: libc6 (>= 2.29)
- Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
-
- dep: libexpat1 (>= 2.0.1)
- Biblioteka C do parsowania XML-a - biblioteka uruchomieniowa
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf, i386, mipsel]
- Biblioteka wspomagająca GCC
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]
-
- dep: libgomp1 (>= 4.9)
- Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)
-
- dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]
- Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
- dep: libstdc++6 (>= 9) [nie armel, armhf]
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)
- Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze
-
- rec: mira-rfam-12s-rrna
- extract of RFAM 12 rRNA database
-
- sug: mira-doc
- documentation for the mira assembler
Pobieranie mira-assembler
| Architektura | Wersja | Rozmiar pakietu | Rozmiar po instalacji | Pliki |
|---|---|---|---|---|
| amd64 | 4.9.6-5+b1 | 2 399,8 KiB | 7 563,0 KiB | [lista plików] |
| arm64 | 4.9.6-5+b1 | 2 182,7 KiB | 6 527,0 KiB | [lista plików] |
| armel | 4.9.6-5+b1 | 1 994,6 KiB | 6 528,0 KiB | [lista plików] |
| armhf | 4.9.6-5+b1 | 1 984,2 KiB | 4 884,0 KiB | [lista plików] |
| i386 | 4.9.6-5+b1 | 2 267,9 KiB | 7 776,0 KiB | [lista plików] |
| mips64el | 4.9.6-5+b1 | 2 217,0 KiB | 8 438,0 KiB | [lista plików] |
| mipsel | 4.9.6-5+b1 | 2 277,4 KiB | 8 462,0 KiB | [lista plików] |
| ppc64el | 4.9.6-5+b1 | 2 458,0 KiB | 7 839,0 KiB | [lista plików] |
| s390x | 4.9.6-5+b1 | 1 942,6 KiB | 7 259,0 KiB | [lista plików] |