Pakiet: reapr (1.0.18+dfsg-5)

Odnośniki dla reapr

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego reapr:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [www.sanger.ac.uk]

Podobne pakiety:

universal tool for genome assembly evaluation

REAPR is a tool that evaluates the accuracy of a genome assembly using mapped paired end reads, without the use of a reference genome for comparison. It can be used in any stage of an assembly pipeline to automatically break incorrect scaffolds and flag other errors in an assembly for manual inspection. It reports mis-assemblies and other warnings, and produces a new broken assembly based on the error calls.

The software requires as input an assembly in FASTA format and paired reads mapped to the assembly in a BAM file. Mapping information such as the fragment coverage and insert size distribution is analysed to locate mis-assemblies. REAPR works best using mapped read pairs from a large insert library (at least 1000bp). Additionally, if a short insert Illumina library is also available, REAPR can combine this with the large insert library in order to score each base of the assembly.

Znaczniki: Biologia: Kwasy nukleinowe, Dziedzina: Biologia, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Interfejs użytkownika: Wiersz poleceń, Rola: role::program, works-with::biological-sequence

Inne pakiety związane z reapr

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: bamtools

toolkit for manipulating BAM (genome alignment) files
dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg)

dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files
dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

dep: libc6 (>= 2.4) [nie amd64, arm64, ppc64el]
dep: libfile-copy-link-perl

Perl extension for replacing a link by a copy of the linked file
dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [nie armel, armhf]

Pakiet niedostępny

dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armel, armhf]
dep: libstdc++6 (>= 5.2) [nie amd64, arm64]

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

dep: libstdc++6 (>= 9) [amd64, arm64]
dep: libtabixpp0 (>= 1.0.0)

C++ wrapper to tabix indexer
dep: r-base

System GNU R do obliczeń statystycznych i prezentacji danych w formie graficznej
dep: samtools (>= 1.3)

Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM
dep: smalt

Sequence Mapping and Alignment Tool
dep: snpomatic

fast, stringent short-read mapping software
dep: tabix

Narzędzie do indeksowania plików z tabulacjami rozdzielającymi pozycje genomu

Pobieranie reapr

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	197,2 KiB	1 052,0 KiB	[lista plików]
arm64	172,2 KiB	904,0 KiB	[lista plików]
armel	164,0 KiB	802,0 KiB	[lista plików]
armhf	166,7 KiB	646,0 KiB	[lista plików]
i386	202,2 KiB	1 010,0 KiB	[lista plików]
mips64el	187,6 KiB	1 135,0 KiB	[lista plików]
mipsel	188,5 KiB	1 073,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	191,6 KiB	1 604,0 KiB	[lista plików]