Package: reapr (1.0.18+dfsg-5)

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strumento universale per valutazione di assemblaggi genomici

REAPR è uno strumento che valuta l'accuratezza di un assemblaggio genomico usando letture a terminali accoppiati mappate, senza l'uso di un genoma di riferimento come confronto. Può essere utilizzato in qualunque stadio di una catena di elaborazione di assemblaggio, per spezzare automaticamente strutture non corrette e segnalare altri errori nell'assemblaggio per l'ispezione manuale. Riporta assemblaggi non corretti e altri avvertimenti, e produce un nuovo assemblaggio spezzato sulla base degli errori.

Il software richiede come input un assemblaggio in formato FASTA e letture accoppiate mappate sull'assemblaggio in un file BAM. Le informazioni di mappatura, come la copertura di un frammento e la distribuzione delle dimensioni di inserimento, vengono analizzate per trovare assemblaggi non corretti. REAPR funziona meglio usando coppie di letture mappate da un catalogo di grandi inserimenti (almeno 1000pb). In aggiunta, se è disponibile anche un catalogo Illumina di inserimenti corti, REAPR può combinarlo con quello dei grandi inserimenti per dare un punteggio a ciascuna base dell'assemblaggio.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, User Interface: Command Line, Role: role::program, works-with::biological-sequence

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dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

dep: libc6 (>= 2.4) [not amd64, arm64, ppc64el]
dep: libfile-copy-link-perl

estensione Perl per sostituire un collegamento con una copia del file collegato
dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [not armel, armhf]

Package not available

dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armel, armhf]
dep: libstdc++6 (>= 5.2) [not amd64, arm64]

libreria GNU Standard C++, versione 3

dep: libstdc++6 (>= 9) [amd64, arm64]
dep: libtabixpp0 (>= 1.0.0)

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strumento per mappatura e allineamento di sequenze
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software per mappatura di letture corte veloce e stringente
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indicizzatore generico per file di posizioni del genoma delimitate da TAB

Download reapr

Download for all available architectures
Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	197.2 kB	1,052.0 kB	[list of files]
arm64	172.2 kB	904.0 kB	[list of files]
armel	164.0 kB	802.0 kB	[list of files]
armhf	166.7 kB	646.0 kB	[list of files]
i386	202.2 kB	1,010.0 kB	[list of files]
mips64el	187.6 kB	1,135.0 kB	[list of files]
mipsel	188.5 kB	1,073.0 kB	[list of files]
ppc64el	191.6 kB	1,604.0 kB	[list of files]