Pakiet: med-bio (3.8.1)

Odnośniki dla med-bio

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego debian-med:

Opiekunowie:

Podobne pakiety:

Debian Med bioinformatics packages

This metapackage will install Debian packages for use in molecular biology, structural biology and other biological sciences.

Znaczniki: Dziedzina: Biologia, Rola: Metapakiet, Zestaw oprogramowania: Debian

Inne pakiety związane z med-bio

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: med-config (= 3.8.1)

Debian Med general config package
dep: med-tasks (= 3.8.1)

Debian Med tasks for tasksel

rec: abacas

Wypełnianie odstępów w dopasowaniach genomicznych z krótkich odczytów
rec: abpoa

adaptive banded Partial Order Alignment
rec: abyss

Nowy, równoległy, sekwencyjny asembler do krótkich odczytów
rec: acedb-other

Wyszukiwanie sekwencji DNA lub białek
rec: adapterremoval

rapid adapter trimming, identification, and read merging of gene sequences
rec: adun-core

Symulator molekularny
rec: aegean

Zintegrowany zestaw narzędzi do analizy genomu
rec: aevol

digital genetics model to run Evolution Experiments in silico
rec: alien-hunter

Interpolated Variable Order Motifs to identify horizontally acquired DNA
rec: alter-sequence-alignment

genomic sequences ALignment Transformation EnviRonment
rec: altree

Program do wykonywania analiz dotyczących związku i miejsca na podstawie filogenezy
rec: amap-align

Wielokrotne wyrównywanie białek poprzez sekwencyjne wyżarzanie
rec: ampliconnoise

Usuwanie szumu z 454 zsekwencjonowanych amplikonów PCR
rec: andi

Efficient Estimation of Evolutionary Distances
rec: any2fasta

convert various sequence formats to FASTA
rec: aragorn

tRNA and tmRNA detection in nucleotide sequences
rec: arden

specificity control for read alignments using an artificial reference
rec: ariba

Antibiotic Resistance Identification By Assembly
rec: art-nextgen-simulation-tools

simulation tools to generate synthetic next-generation sequencing reads
rec: artemis

Program do przeglądania genomów i tworzenia adnotacji
rec: artfastqgenerator

outputs artificial FASTQ files derived from a reference genome
rec: assembly-stats

Pobieranie statystyk asemblacji z plików FASTA i FASTQ
rec: assemblytics

detect and analyze structural variants from a genome assembly
rec: atac

genome assembly-to-assembly comparison
rec: ataqv

Kontrola jakości i wizualizacja ATAC-seq
rec: atropos

NGS read trimming tool that is specific, sensitive, and speedy
rec: augur

pipeline components for real-time virus analysis
rec: augustus

gene prediction in eukaryotic genomes
rec: autodock

analysis of ligand binding to protein structure
rec: autodock-vina

docking of small molecules to proteins
rec: autogrid

Wstępnie obliczanie wiązania ligandów z ich receptorem
rec: avogadro

System do molekularnego modelowania i wizualizacji
rec: axe-demultiplexer

Demultiplekser oparty na Trie, odczytujący sekwencjonowanie DNA
rec: baitfisher

software package for designing hybrid enrichment probes
rec: bali-phy

Bayesian Inference of Alignment and Phylogeny
rec: ballview

free molecular modeling and molecular graphics tool
rec: bamclipper

Remove gene-specific primer sequences from SAM/BAM alignments
rec: bamkit

Narzędzia do wykonywania typowych czynności z plikami BAM
rec: bamtools

toolkit for manipulating BAM (genome alignment) files
rec: bandage

Bioinformatics Application for Navigating De novo Assembly Graphs Easily
rec: barrnap

rapid ribosomal RNA prediction
rec: bbmap

BBTools genomic aligner and other tools for short sequences
rec: bcalm

de Bruijn compaction in low memory
rec: bcftools

Wywoływanie wariantów genomowych oraz zarządzanie plikami VCF i BCF
rec: beads

2-DE electrophoresis gel image spot detection
rec: beagle

Genotype calling, genotype phasing and imputation of ungenotyped markers
rec: beast-mcmc

Bayesian MCMC phylogenetic inference
rec: beast2-mcmc

Bayesian MCMC phylogenetic inference
rec: bedops

Wysokowydajne operacje dotyczące cech genomowych
rec: bedtools

suite of utilities for comparing genomic features
rec: belvu

multiple sequence alignment viewer and phylogenetic tool
rec: berkeley-express

Streaming quantification for high-throughput sequencing
rec: bio-eagle

Haplotype phasing within a genotyped cohort or using a phased reference panel
rec: bio-rainbow

clustering and assembling short reads for bioinformatics
rec: bio-tradis

analyse the output from TraDIS analyses of genomic sequences
rec: bio-vcf

domain specific language (DSL) for processing the VCF format
rec: bioawk

Rozszerzenie awk do analizowania sekwencji biologicznych
rec: biobambam2

tools for early stage alignment file processing
rec: biosyntax

Podświetlanie składni w biologii obliczeniowej (metapakiet)
rec: bitseq

Bayesian Inference of Transcripts from Sequencing Data
rec: blasr

mapping single-molecule sequencing reads
rec: blixem

interactive browser of sequence alignments
rec: bolt-lmm

Efficient large cohorts genome-wide Bayesian mixed-model association testing
rec: bowtie

Ultrafast memory-efficient short read aligner
rec: bowtie2

ultrafast memory-efficient short read aligner
rec: boxshade

Pretty-printing of multiple sequence alignments
rec: bppphyview

Przeglądarka filogenetyczna oparta na Bio++
rec: bppsuite

Bio++ program suite
rec: brig

BLAST Ring Image Generator
rec: btllib-tools

Bioinformatics Technology Lab common code library tools
rec: busco

Porównywanie zestawów uniwersalnych ortologów jednokopiowych
rec: bustools

program for manipulating BUS files for single cell RNA-Seq datasets
rec: bwa

Burrows-Wheeler Aligner
rec: canu

single molecule sequence assembler for genomes
rec: cassiopee

index and search tool in genomic sequences
rec: cat-bat

taxonomic classification of contigs and metagenome-assembled genomes (MAGs)
rec: cct

visually comparing bacterial, plasmid, chloroplast, or mitochondrial sequences
rec: cd-hit

Pakiet programów przeznaczonych do szybkiego grupowania sekwencji
rec: cdbfasta

Narzędzia do indeksowania i przeszukiwania CDB z plików multi-Fasta
rec: centrifuge

rapid and memory-efficient system for classification of DNA sequences
rec: cgview

Circular Genome Viewer
rec: changeo

Repertoire clonal assignment toolkit (Python 3)
rec: chimeraslayer

detects likely chimeras in PCR amplified DNA
rec: chromhmm

Chromatin state discovery and characterization
rec: chromimpute

Large-scale systematic epigenome imputation
rec: cif-tools

Suite of tools to manipulate, validate and query mmCIF files
rec: circlator

Program do cyrkularyzacji zespołów genomowych
rec: circos

Ploter do wizualizacji danych
rec: clearcut

Niezwykle wydajna rekonstrukcja drzewa filogenetycznego
rec: clonalframe

inference of bacterial microevolution using multilocus sequence data
rec: clonalframeml

Efficient Inference of Recombination in Whole Bacterial Genomes
rec: clonalorigin

inference of homologous recombination in bacteria using whole genome sequences
rec: clustalo

General-purpose multiple sequence alignment program for proteins
rec: clustalw

global multiple nucleotide or peptide sequence alignment
rec: clustalx

Multiple alignment of nucleic acid and protein sequences (graphical interface)
rec: cnvkit

Copy number variant detection from targeted DNA sequencing
rec: codonw

Correspondence Analysis of Codon Usage
rec: comet-ms

Tandem mass spectrometry (MS/MS) search engine
rec: concavity

predictor of protein ligand binding sites from structure and conservation
rec: conservation-code

protein sequence conservation scoring tool
rec: covtobed

convert the coverage track from a BAM file into a BED file
rec: crac

integrated RNA-Seq read analysis
rec: csb

Computational Structural Biology Toolbox (CSB)
rec: cutadapt

Czyszczenie sekwencji biologicznych z odczytów sekwencjonowania o dużej przepustowości
rec: cutesv

comprehensive discovery of structural variations of genomic sequences
rec: daligner

Odkrywanie lokalnego dopasowania między odczytami długich sekwencji nukleotydowych
rec: damapper

long read to reference genome mapping tool
rec: datamash

Narzędzie statystyczne dla interfejsu wiersza poleceń
rec: dawg

simulate the evolution of recombinant DNA sequences
rec: dazzdb

manage nucleotide sequencing read data
rec: delly

Structural variant discovery by read analysis
rec: density-fitness

Calculates per-residue electron density scores
rec: dextractor

(d)extractor and compression command library
rec: dialign

Dopasowanie wielu sekwencji w oparciu o segmenty
rec: dialign-tx

Segment-based multiple sequence alignment
rec: diamond-aligner

accelerated BLAST compatible local sequence aligner
rec: discosnp

discovering Single Nucleotide Polymorphism from raw set(s) of reads
rec: disulfinder

cysteines disulfide bonding state and connectivity predictor
rec: dnaclust

tool for clustering millions of short DNA sequences
rec: dnarrange

Method to find rearrangements in long DNA reads relative to a genome seq
rec: dotter

detailed comparison of two genomic sequences
rec: drop-seq-tools

analyzing Drop-seq data
rec: dssp

Ustalanie drugorzędowej struktury białek na podstawie struktury 3D
rec: dwgsim

short sequencing read simulator
rec: e-mem

Efficient computation of Maximal Exact Matches for very large genomes
rec: ea-utils

command-line tools for processing biological sequencing data
rec: ecopcr

estimate PCR barcode primers quality
rec: edtsurf

triangulated mesh surfaces for protein structures
rec: eigensoft

reduction of population bias for genetic analyses
rec: elph

DNA/protein sequence motif finder
rec: embassy-domainatrix

Extra EMBOSS commands to handle domain classification file
rec: embassy-domalign

Dodatkowe polecenia EMBOSS do wyrównywania domeny białek
rec: embassy-domsearch

Dodatkowe polecenia EMBOSS do wyszukiwania domen białkowych
rec: emboss

European molecular biology open software suite
rec: emmax

genetic mapping considering population structure
rec: estscan

ORF-independent detector of coding DNA sequences
rec: examl

Exascale Maximum Likelihood (ExaML) code for phylogenetic inference
rec: exonerate

generic tool for pairwise sequence comparison
rec: fasta3

tools for searching collections of biological sequences
rec: fastahack

Narzędzie do indeksowania i wyodrębniania sekwencji z plików FASTA
rec: fastani

Fast alignment-free computation of whole-genome Average Nucleotide Identity
rec: fastaq

Narzędzia do obsługi plików FASTA i FASTQ
rec: fastdnaml

Narzędzie do budowania drzew filogenetycznych z sekwencji DNA
rec: fastlink

faster version of pedigree programs of Linkage
rec: fastml

maximum likelihood ancestral amino-acid sequence reconstruction
rec: fastp

Ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor
rec: fastq-pair

Rewrites paired end fastq so all reads have a mate to separate out singletons
rec: fastqc

quality control for high throughput sequence data
rec: fastqtl

Quantitative Trait Loci (QTL) mapper in cis for molecular phenotypes
rec: fasttree

phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences
rec: ffindex

Prosty indeks/baza danych dla ogromnych ilości małych plików
rec: figtree

Graficzna przeglądarka drzew filogenetycznych
rec: filtlong

Narzędzie filtrujące o wysokiej jakości do długich odczytów sekwencji genomu
rec: fitgcp

fitting genome coverage distributions with mixture models
rec: flash

Fast Length Adjustment of SHort reads
rec: flexbar

flexible barcode and adapter removal for sequencing platforms
rec: flye

de novo assembler for single molecule sequencing reads using repeat graphs
rec: fml-asm

tool for assembling Illumina short reads in small regions
rec: freebayes

Bayesian haplotype-based polymorphism discovery and genotyping
rec: freecontact

fast protein contact predictor
rec: fsa

Fast Statistical Alignment of protein, RNA or DNA sequences
rec: fsm-lite

frequency-based string mining (lite)
rec: gamgi

Ogólny Interfejs Graficzny do Modelowania Atomistycznego
rec: garli

phylogenetic analysis of molecular sequence data using maximum-likelihood
rec: garlic

visualization program for biomolecules
rec: gasic

genome abundance similarity correction
rec: gatb-core

Genome Analysis Toolbox with de-Bruijn graph
rec: gbrowse

GMOD Generic Genome Browser
rec: gdpc

Wizualizator symulacji dynamiki molekularnej
rec: gemma

Genome-wide Efficient Mixed Model Association
rec: genometester

toolkit for performing set operations on k-mer lists
rec: genomethreader

software tool to compute gene structure predictions
rec: genometools

Wszechstronny zestaw narzędzi do analizy genomu
rec: genomicsdb-tools

sparse array storage library for genomics (tools)
rec: gentle

suite to plan genetic cloning
rec: gff2aplot

pair-wise alignment-plots for genomic sequences in PostScript
rec: gff2ps

Tworzenie grafiki PostScript z plików GFF
rec: gffread

Konwertowanie formatu GFF/GTF, filtrowanie regionów, ekstrakcja sekwencji FASTA
rec: ggd-utils

programs for use in ggd
rec: ghemical

Środowisko modelowania molekularnego do GNOME
rec: ghmm

General Hidden-Markov-Model library - tools
rec: glam2

gapped protein motifs from unaligned sequences
rec: gmap

Dopasowanie splicingowe i tolerancyjne SNP dla mRNA i krótkich odczytów
rec: grabix

wee tool for random access into BGZF files
rec: graphlan

circular representations of taxonomic and phylogenetic trees
rec: grinder

Versatile omics shotgun and amplicon sequencing read simulator
rec: gromacs

Molecular dynamics simulator, with building and analysis tools
rec: gsort

sort genomic data
rec: gubbins

phylogenetic analysis of genome sequences
rec: gwama

Genome-Wide Association Meta Analysis
rec: harvest-tools

archiving and postprocessing for reference-compressed genomic multi-alignments
rec: hhsuite

sensitive protein sequence searching based on HMM-HMM alignment
rec: hilive

realtime alignment of Illumina reads
rec: hinge

long read genome assembler based on hinging
rec: hisat2

graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes
rec: hmmer

profile hidden Markov models for protein sequence analysis
rec: hmmer2

profile hidden Markov models for protein sequence analysis
rec: hyphy-mpi

Hypothesis testing using Phylogenies (MPI version)

lub hyphy-pt

Hypothesis testing using Phylogenies (pthreads version)
rec: idba

iterative De Bruijn Graph short read assemblers
rec: igblast

Immunoglobulin and T cell receptor variable domain sequence analysis
rec: igor

infers V(D)J recombination processes from sequencing data
rec: igv

Integrative Genomics Viewer
rec: indelible

powerful and flexible simulator of biological evolution
rec: infernal

Wyrównywanie drugorzędowej struktury RNA
rec: insilicoseq

sequencing simulator producing realistic Illumina reads
rec: ipig

integrating PSMs into genome browser visualisations
rec: iqtree

efficient phylogenetic software by maximum likelihood
rec: iva

iterative virus sequence assembler
rec: jaligner

Smith-Waterman algorithm with Gotoh's improvement
rec: jalview

multiple alignment editor
rec: jellyfish

count k-mers in DNA sequences
rec: jellyfish1

count k-mers in DNA sequences
rec: jmodeltest

HPC selection of models of nucleotide substitution
rec: jmol

Przeglądarka molekularna
rec: kalign

Globalne i progresywne dopasowywanie wielu sekwencji
rec: kallisto

near-optimal RNA-Seq quantification
rec: kaptive

obtain information about K and O types for Klebsiella genome assemblies
rec: khmer

Zliczanie k-merów sekwencji DNA w pamięci, filtrowanie i przeglądanie wykresów
rec: kineticstools

detection of DNA modifications
rec: king-probe

Evaluate and visualize protein interatomic packing
rec: kissplice

Detection of various kinds of polymorphisms in RNA-seq data
rec: kleborate

tool to screen Klebsiella genome assemblies
rec: kma

mapping genomic sequences to raw reads directly against redundant databases
rec: kmc

count kmers in genomic sequences
rec: kmer

Zestaw narzędzi do analizy sekwencji DNA
rec: kmerresistance

correlates mapped genes with the predicted species of WGS samples
rec: kraken

assigning taxonomic labels to short DNA sequences
rec: kraken2

taxonomic classification system using exact k-mer matches
rec: lagan

highly parametrizable pairwise global genome sequence aligner
rec: lamarc

Likelihood Analysis with Metropolis Algorithm using Random Coalescence
rec: lamassemble

Merges overlapping "long" DNA reads into a consensus sequences
rec: lambda-align

Local Aligner for Massive Biological DatA
rec: lambda-align2

Local Aligner for Massive Biological DatA - v2
rec: last-align

Porównywanie sekwencji biologicznych w skali genomu
rec: lastz

pairwise aligning DNA sequences
rec: leaff

biological sequence library utilities and applications
rec: lefse

determine features of organisms, clades, taxonomic units, genes
rec: libpwiz-tools

ProteoWizard command line tools
rec: librg-utils-perl

parsers and format conversion utilities used by (e.g.) profphd
rec: libvcflib-tools

C++ library for parsing and manipulating VCF files (tools)
rec: lighter

fast and memory-efficient sequencing error corrector
rec: logol

Pattern matching tool using Logol language
rec: loki

MCMC linkage analysis on general pedigrees
rec: ltrsift

postprocessing and classification of LTR retrotransposons
rec: lucy

DNA sequence quality and vector trimming tool
rec: lumpy-sv

Ogólna platforma probabilistyczna do odkrywania wariantów strukturalnych
rec: macs

Model-based Analysis of ChIP-Seq on short reads sequencers
rec: macsyfinder

detection of macromolecular systems in protein datasets
rec: maffilter

process genome alignment in the Multiple Alignment Format
rec: mafft

Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences
rec: malt

sequence alignment and analysis tool to process sequencing data
rec: mapdamage

tracking and quantifying damage patterns in ancient DNA sequences
rec: mapsembler2

bioinformatics targeted assembly software
rec: maq

maps short fixed-length polymorphic DNA sequence reads to reference sequences
rec: maqview

graphical read alignment viewer for short gene sequences
rec: mash

fast genome and metagenome distance estimation using MinHash
rec: massxpert

polymer chemistry modelling and mass spectrometry data simulation (runtime)
rec: mauve-aligner

multiple genome alignment
rec: mcaller

find methylation in nanopore reads
rec: mecat2

ultra-fast and accurate de novo assembly tools for SMRT reads
rec: megadepth

computes coverage from BigWig and BAM sequencing files
rec: megahit

ultra-fast and memory-efficient meta-genome assembler
rec: megan-ce

interactive tool to explore and analyse microbiome sequencing data
rec: melting

compute the melting temperature of nucleic acid duplex
rec: meryl

in- and out-of-core kmer counting and utilities
rec: metabat

robust statistical framework for reconstructing genomes from metagenomic data
rec: metaphlan

Metagenomic Phylogenetic Analysis
rec: metastudent

predictor of Gene Ontology terms from protein sequence
rec: mhap

locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps
rec: microbegps

explorative taxonomic profiling tool for metagenomic data
rec: microbiomeutil

Microbiome Analysis Utilities
rec: mindthegap

performs detection and assembly of DNA insertion variants in NGS read datasets
rec: minexpert2

MS^n mass spectrometric data visualization and mining (runtime)
rec: minia

short-read biological sequence assembler
rec: miniasm

ultrafast de novo assembler for long noisy DNA sequencing reads
rec: minimac4

Fast Imputation Based on State Space Reduction HMM
rec: minimap

Narzędzie do przybliżonego mapowania długich biosekwencji, takich jak odczyty DNA
rec: minimap2

versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences
rec: mipe

Narzędzia do przechowywania danych pochodzących z PCR
rec: mira-assembler

Whole Genome Shotgun and EST Sequence Assembler
rec: mirtop

annotate miRNAs with a standard mirna/isomir naming
rec: mlv-smile

Find statistically significant patterns in sequences
rec: mmb

model the structure and dynamics of macromolecules
rec: mmseqs2

ultra fast and sensitive protein search and clustering
rec: mosdepth

BAM/CRAM depth calculation biological sequencing
rec: mothur

Zestaw narzędzi analizy sekwencyjnej do badań nad florą bakteryjną
rec: mptp

single-locus species delimitation
rec: mrbayes

Bayesian Inference of Phylogeny
rec: multiqc

output integration for RNA sequencing across tools and samples
rec: mummer

Efficient sequence alignment of full genomes
rec: murasaki

homology detection tool across multiple large genomes

lub murasaki-mpi

homology detection tool across multiple large genomes (MPI-version)
rec: muscle

Multiple alignment program of protein sequences
rec: muscle3

multiple alignment program of protein sequences
rec: mustang

Wielokrotne strukturalne dopasowanie białek
rec: nanofilt

filtering and trimming of long read sequencing data
rec: nanolyse

remove lambda phage reads from a fastq file
rec: nanook

pre- and post-alignment analysis of nanopore sequencing data
rec: nanopolish

consensus caller for nanopore sequencing data
rec: nanostat

statistics on long biological sequences
rec: nanosv

structural variant caller for nanopore data
rec: nast-ier

NAST-based DNA alignment tool
rec: ncbi-acc-download

download genome files from NCBI by accession
rec: ncbi-blast+

next generation suite of BLAST sequence search tools
rec: ncbi-blast+-legacy

NCBI Blast legacy call script
rec: ncbi-entrez-direct

NCBI Entrez utilities on the command line
rec: ncbi-epcr

Tool to test a DNA sequence for the presence of sequence tagged sites
rec: ncbi-seg

tool to mask segments of low compositional complexity in amino acid sequences
rec: ncbi-tools-bin

Biblioteki NCBI do zastosowań biologicznych - narzędzia z interfejsem tekstowym
rec: ncbi-tools-x11

Biblioteki NCBI do zastosowań biologicznych (narzędzia oparte na protokole X)
rec: ncl-tools

tools to deal with NEXUS files
rec: ncoils

Przewidywanie budowy zwiniętej spirali drugorzędowej struktury
rec: neobio

computes alignments of amino acid and nucleotide sequences
rec: ngmlr

CoNvex Gap-cost alignMents for Long Reads
rec: njplot

Program do rysowania drzew filogenetycznych
rec: norsnet

tool to identify unstructured loops in proteins
rec: norsp

predictor of non-regular secondary structure
rec: ntcard

Streaming algorithm to estimate cardinality in genomics datasets
rec: nxtrim

Optimized trimming of Illumina mate pair reads
rec: obitools

programs to analyze NGS data in a DNA metabarcoding context
rec: openms

package for LC/MS data management and analysis
rec: optimir

Integrating genetic variations in miRNA alignment
rec: pal2nal

converts proteins to genomic DNA alignment
rec: paleomix

pipelines and tools for the processing of ancient and modern HTS data
rec: paml

Analiza filogenetyczna według maksymalnego prawdopodobieństwa (PAML)
rec: paraclu

Parametric clustering of genomic and transcriptomic features
rec: parasail

Aligner based on libparasail
rec: parsinsert

Parsimonious Insertion of unclassified sequences into phylogenetic trees
rec: parsnp

rapid core genome multi-alignment
rec: patman

rapid alignment of short sequences to large databases
rec: pbdagcon

sequence consensus using directed acyclic graphs
rec: pbhoney

genomic structural variation discovery
rec: pbjelly

genome assembly upgrading tool
rec: pbsim

simulator for PacBio sequencing reads
rec: pbsuite

software for Pacific Biosciences sequencing data
rec: pdb2pqr

Preparation of protein structures for electrostatics calculations
rec: perlprimer

Graphical design of primers for PCR
rec: perm

efficient mapping of short reads with periodic spaced seeds
rec: pftools

build and search protein and DNA generalized profiles
rec: phast

phylogenetic analysis with space/time models
rec: phipack

PHI test and other tests of recombination
rec: phybin

binning/clustering newick trees by topology
rec: phylip

package of programs for inferring phylogenies
rec: phylonium

Fast and Accurate Estimation of Evolutionary Distances
rec: phyml

Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood
rec: physamp

sample sequence alignment corresponding to phylogeny
rec: phyutility

simple analyses or modifications on both phylogenetic trees and data matrices
rec: phyx

UNIX-style phylogenetic analyses on trees and sequences
rec: picard-tools

Command line tools to manipulate SAM and BAM files
rec: picopore

lossless compression of Nanopore files
rec: pigx-rnaseq

pipeline for checkpointed and distributed RNA-seq analyses
rec: piler

Program do analizy powtórzeń genomowych
rec: pilercr

Oprogramowanie do wyszukiwania powtórzeń CRISPR
rec: pilon

automated genome assembly improvement and variant detection tool
rec: pinfish

Collection of tools to annotate genomes using long read transcriptomics data
rec: pique

software pipeline for performing genome wide association studies
rec: pirs

Profile based Illumina pair-end Reads Simulator
rec: pizzly

Identifies gene fusions in RNA sequencing data
rec: placnet

Projekt "Plasmid Constellation Network"
rec: plasmidid

mapping-based, assembly-assisted plasmid identification tool
rec: plasmidomics

Rysowanie plazmidów i map wektorowych z eksportem grafiki w formacie PostScript
rec: plasmidseeker

identification of known plasmids from whole-genome sequencing reads
rec: plast

Parallel Local Sequence Alignment Search Tool
rec: plink

whole-genome association analysis toolset
rec: plink1.9

whole-genome association analysis toolset
rec: plink2

whole-genome association analysis toolset
rec: plip

fully automated protein-ligand interaction profiler
rec: poa

Partial Order Alignment for multiple sequence alignment
rec: populations

Oprogramowanie do genetyki populacji
rec: porechop

adapter trimmer for Oxford Nanopore reads
rec: poretools

toolkit for nanopore nucleotide sequencing data
rec: prank

Probabilistic Alignment Kit for DNA, codon and amino-acid sequences
rec: predictnls

prediction and analysis of protein nuclear localization signals
rec: presto

toolkit for processing B and T cell sequences
rec: prime-phylo

bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account
rec: primer3

tool to design flanking oligo nucleotides for DNA amplification
rec: prinseq-lite

PReprocessing and INformation of SEQuence data (lite version)
rec: proalign

Probabilistic multiple alignment program
rec: probabel

Zestaw narzędzi do analizy asocjacyjnej całego genomu
rec: probalign

multiple sequence alignment using partition function posterior probabilities
rec: probcons

PROBabilistic CONSistency-based multiple sequence alignment
rec: proda

Wielokrotne wyrównywanie sekwencji białkowych
rec: prodigal

Microbial (bacterial and archaeal) gene finding program
rec: profbval

predictor of flexible/rigid protein residues from sequence
rec: profisis

Przewidywanie miejsc interakcji białko-białko na podstawie sekwencji
rec: profnet-bval

Architektura sieci neuronowej dla profbval
rec: profnet-chop

Architektura sieci neuronowej dla profchop
rec: profnet-con

Architektura sieci neuronowej dla profcon
rec: profnet-isis

Architektura sieci neuronowej dla profisis
rec: profnet-md

Architektura sieci neuronowej dla metadisorder
rec: profnet-norsnet

Architektura sieci neuronowych do NORSnet
rec: profnet-prof

neural network architecture for profacc
rec: profnet-snapfun

Architektura sieci neuronowej dla Snapfun
rec: profphd-net

neural network architecture for profphd
rec: profphd-utils

profphd helper utilities convert_seq and filter_hssp
rec: proftmb

per-residue prediction of bacterial transmembrane beta barrels
rec: progressivemauve

multiple genome alignment algorithms
rec: prokka

Szybka adnotacja genomów prokariotycznych
rec: proteinortho

Detection of (Co-)orthologs in large-scale protein analysis
rec: prottest

selection of best-fit models of protein evolution
rec: provean

Protein Variation Effect Analyzer
rec: pscan-chip

ChIP-based identifcation of TF binding sites
rec: pscan-tfbs

search for transcription factor binding sites
rec: psortb

bacterial localization prediction tool
rec: pullseq

Extract sequence from a fasta or fastq
rec: pycoqc

computes metrics and generates Interactive QC plots
rec: pycorrfit

Narzędzie do dopasowywania krzywych korelacji na wykresie logarytmicznym
rec: pyensembl

installs data from the Ensembl genome database
rec: pyfastx

fast random access to sequences from FASTA/Q file - command
rec: pymol

Molekularny system graficzny
rec: pyscanfcs

scientific tool for perpendicular line scanning FCS
rec: python3-biomaj3-daemon

BioMAJ daemon library
rec: python3-cogent3

framework for genomic biology
rec: python3-emperor

visualizing high-throughput microbial community data
rec: python3-geneimpacts

wraps command line tools to assess variants in gene sequences
rec: python3-gffutils

Work with GFF and GTF files in a flexible database framework
rec: python3-pairtools

Framework to process sequencing data from a Hi-C experiment
rec: python3-pybedtools

Python 3 wrapper around BEDTools for bioinformatics work
rec: python3-sqt

SeQuencing Tools for biological DNA/RNA high-throughput data
rec: python3-treetime

inference of time stamped phylogenies and ancestral reconstruction (Python 3)
rec: pyvcf

helper scripts for Variant Call Format (VCF) parser
rec: qcat

Demultipleksowanie odczytów Oxford Nanopore z plików FASTQ
rec: qcumber

quality control of genomic sequences
rec: qiime

Quantitative Insights Into Microbial Ecology
rec: qtltools

Tool set for molecular QTL discovery and analysis
rec: quicktree

Neighbor-Joining algorithm for phylogenies
rec: quorum

QUality Optimized Reads of genomic sequences
rec: qutemol

interactive visualization of macromolecules
rec: r-bioc-annotate

BioConductor annotation for microarrays
rec: r-bioc-biostrings

GNU R string objects representing biological sequences
rec: r-bioc-cner

CNE Detection and Visualization
rec: r-bioc-cummerbund

tool for analysis of Cufflinks RNA-Seq output
rec: r-bioc-deseq2

R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis
rec: r-bioc-ebseq

R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis
rec: r-bioc-edger

Empirical analysis of digital gene expression data in R
rec: r-bioc-genefilter

methods for filtering genes from microarray experiments
rec: r-bioc-geoquery

Get data from NCBI Gene Expression Omnibus (GEO)
rec: r-bioc-hilbertvis

GNU R package to visualise long vector data
rec: r-bioc-htsfilter

GNU R filter replicated high-throughput transcriptome sequencing data
rec: r-bioc-impute

Imputation for microarray data
rec: r-bioc-limma

linear models for microarray data
rec: r-bioc-megadepth

BioCOnductor BigWig and BAM related utilities
rec: r-bioc-mergeomics

Integrative network analysis of omics data
rec: r-bioc-metagenomeseq

GNU R statistical analysis for sparse high-throughput sequencing
rec: r-bioc-mofa

Multi-Omics Factor Analysis (MOFA)
rec: r-bioc-multiassayexperiment

Software for integrating multi-omics experiments in BioConductor
rec: r-bioc-mutationalpatterns

GNU R comprehensive genome-wide analysis of mutational processes
rec: r-bioc-pcamethods

BioConductor collection of PCA methods
rec: r-bioc-phyloseq

GNU R handling and analysis of high-throughput microbiome census data
rec: r-bioc-rtracklayer

GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks
rec: r-bioc-scater

Single-Cell Analysis Toolkit for Gene Expression Data in R
rec: r-bioc-tfbstools

GNU R Transcription Factor Binding Site (TFBS) Analysis
rec: r-cran-adegenet

GNU R exploratory analysis of genetic and genomic data
rec: r-cran-adephylo

Analizy eksploracyjne GNU R dla filogenetycznej metody porównawczej
rec: r-cran-alakazam

Immunoglobulin Clonal Lineage and Diversity Analysis
rec: r-cran-ape

GNU R package for Analyses of Phylogenetics and Evolution
rec: r-cran-bio3d

GNU R package for biological structure analysis
rec: r-cran-distory

GNU R distance between phylogenetic histories
rec: r-cran-genabel

GNU R package for genome-wide SNP association analysis
rec: r-cran-kaos

Encoding of Sequences Based on Frequency Matrix Chaos
rec: r-cran-metamix

GNU R bayesian mixture analysis for metagenomic community profiling
rec: r-cran-phangorn

GNU R package for phylogenetic analysis
rec: r-cran-phytools

GNU R phylogenetic tools for comparative biology
rec: r-cran-pscbs

R package: Analysis of Parent-Specific DNA Copy Numbers
rec: r-cran-qtl

GNU R package for genetic marker linkage analysis
rec: r-cran-rotl

GNU R interface to the 'Open Tree of Life' API
rec: r-cran-samr

GNU R significance analysis of microarrays
rec: r-cran-sdmtools

Species Distribution Modelling Tools
rec: r-cran-seqinr

GNU R biological sequences retrieval and analysis
rec: r-cran-seurat

Tools for Single Cell Genomics
rec: r-cran-shazam

Immunoglobulin Somatic Hypermutation Analysis
rec: r-cran-spp

GNU R ChIP-seq processing pipeline
rec: r-cran-tcr

Advanced Data Analysis of Immune Receptor Repertoires
rec: r-cran-tigger

Infers new Immunoglobulin alleles from Rep-Seq Data
rec: r-cran-treescape

GNU R Statistical Exploration of Landscapes of Phylogenetic Trees
rec: r-cran-tsne

t-distributed stochastic neighbor embedding for R (t-SNE)
rec: r-cran-vegan

Community Ecology Package for R
rec: r-cran-webgestaltr

find over-represented properties in gene lists
rec: r-cran-wgcna

Weighted Correlation Network Analysis
rec: r-other-ascat

Allele-Specific Copy Number Analysis of Tumours
rec: r-other-mott-happy.hbrem

GNU R package for fine-mapping complex diseases
rec: r-other-rajewsky-dropbead

Basic Exploration and Analysis of Drop-seq Data
rec: racon

consensus module for raw de novo DNA assembly of long uncorrected reads
rec: radiant

explore hierarchical metagenomic data with zoomable pie charts
rec: ragout

Reference-Assisted Genome Ordering UTility
rec: rambo-k

Read Assignment Method Based On K-mers
rec: rampler

module for sampling genomic sequences
rec: rapmap

rapid sensitive and accurate DNA read mapping via quasi-mapping
rec: rasmol

visualization of biological macromolecules
rec: raster3d

Narzędzia do generowania obrazów białek lub innych cząsteczek
rec: rate4site

detector of conserved amino-acid sites
rec: raxml

Randomizowane maksymalne prawdopodobieństwo drzew filogenetycznych
rec: ray

de novo genome assemblies of next-gen sequencing data
rec: rdp-alignment

Ribosomal Database Project (RDP) alignment tools package
rec: rdp-classifier

extensible sequence classifier for fungal lsu, bacterial and archaeal 16s
rec: rdp-readseq

Ribosomal Database Project (RDP) sequence reading and writing
rec: readseq

Konwersja między różnymi formatami sekwencji białek
rec: readucks

Nanopore read de-multiplexer (read demux -> readux -> readucks, innit)
rec: reapr

universal tool for genome assembly evaluation
rec: recan

genetic distance plotting for recombination events analysis
rec: relion

toolkit for 3D reconstructions in cryo-electron microscopy
rec: relion-gui

toolkit for 3D reconstructions in cryo-electron microscopy (gui apps)
rec: repeatmasker-recon

finds repeat families from biological sequences
rec: reprof

protein secondary structure and accessibility predictor
rec: resfinder

identify acquired antimicrobial resistance genes
rec: rna-star

ultrafast universal RNA-seq aligner
rec: rnahybrid

Fast and effective prediction of microRNA/target duplexes
rec: roary

high speed stand alone pan genome pipeline
rec: rockhopper

system for analyzing bacterial RNA-seq data
rec: roguenarok

versatile and scalable algorithm for rogue taxon identification
rec: rsem

RNA-Seq by Expectation-Maximization
rec: rtax

Classification of sequence reads of 16S ribosomal RNA gene
rec: runcircos-gui

Narzędzie z interfejsem graficznym do uruchamiania Circos
rec: saint

Significance Analysis of INTeractome
rec: salmid

rapid Kmer based Salmonella identifier from sequence data
rec: salmon

wicked-fast transcript quantification from RNA-seq data
rec: sambamba

tools for working with SAM/BAM data
rec: samblaster

marks duplicates, extracts discordant/split reads
rec: samclip

filter SAM file for soft and hard clipped alignments
rec: samtools

Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM
rec: savvy-util

conversion tool for SAV file format
rec: scoary

pangenome-wide association studies
rec: scrappie

basecaller for Nanopore sequencer
rec: scrm

simulator of evolution of genetic sequences
rec: scythe

Bayesian adaptor trimmer for sequencing reads
rec: seaview

Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny
rec: seer

genomic sequence element (kmer) enrichment analysis
rec: segemehl

short read mapping with gaps
rec: seqan-apps

C++ library for the analysis of biological sequences
rec: seqan-needle

pre-filter for the counting of very large collections of nucleotide sequences
rec: seqan-raptor

pre-filter for querying very large collections of nucleotide sequences
rec: seqkit

cross-platform and ultrafast toolkit for FASTA/Q file manipulation
rec: seqmagick

imagemagick-like frontend to Biopython SeqIO
rec: seqprep

stripping adaptors and/or merging paired reads of DNA sequences with overlap
rec: seqsero

Salmonella serotyping from genome sequencing data
rec: seqtk

Fast and lightweight tool for processing sequences in the FASTA or FASTQ format
rec: sga

de novo genome assembler that uses string graphs
rec: shasta

nanopore whole genome assembly (binaries and scripts)
rec: shovill

Assemble bacterial isolate genomes from Illumina paired-end reads
rec: sibelia

comparative genomics tool
rec: sibsim4

align expressed RNA sequences on a DNA template
rec: sickle

windowed adaptive trimming tool for FASTQ files using quality
rec: sigma-align

Simple greedy multiple alignment of non-coding DNA sequences
rec: sim4

tool for aligning cDNA and genomic DNA
rec: sim4db

batch spliced alignment of cDNA sequences to a target genome
rec: simka

Porównawcza metoda metagenomiki dedykowana zbiorom danych NGS
rec: simkamin

approximate comparative metagenomics method dedicated to NGS datasets
rec: ska

Split Kmer Analysis
rec: skesa

strategic Kmer extension for scrupulous assemblies
rec: skewer

post-processing of high-throughput DNA sequence reads
rec: smalt

Sequence Mapping and Alignment Tool
rec: smithwaterman

determine similar regions between two strings or genomic sequences
rec: smrtanalysis

software suite for single molecule, real-time sequencing
rec: snap

Lokalizacja genów z sekwencji DNA za pomocą ukrytego modelu Markowa
rec: snap-aligner

Scalable Nucleotide Alignment Program
rec: sniffles

structural variation caller using third-generation sequencing
rec: snp-sites

Binary code for the package snp-sites
rec: snpeff

genetic variant annotation and effect prediction toolbox - tool
rec: snpomatic

fast, stringent short-read mapping software
rec: snpsift

tool to annotate and manipulate genome variants - tool
rec: soapaligner

aligner of short reads of next generation sequencers
rec: soapdenovo

short-read assembly method to build de novo draft assembly
rec: soapdenovo2

short-read assembly method to build de novo draft assembly
rec: soapsnp

resequencing utility that can assemble consensus sequence of genomes
rec: sortmerna

tool for filtering, mapping and OTU-picking NGS reads
rec: spaced

alignment-free sequence comparison using spaced words
rec: spades

genome assembler for single-cell and isolates data sets
rec: spaln

splicing-aware transcript-alignment to genomic DNA
rec: spoa

SIMD partial order alignment tool
rec: sprai

single-pass sequencing read accuracy improver
rec: spread-phy

analyze and visualize phylogeographic reconstructions
rec: squizz

Konwerter sekwencji i dopasowań genetycznych
rec: sra-toolkit

Narzędzia do Sequence Read Archive z NCBI
rec: srst2

Short Read Sequence Typing for Bacterial Pathogens
rec: ssake

Aplikacja genomiczna do łączenia milionów bardzo krótkich sekwencji DNA
rec: sspace

scaffolding pre-assembled contigs after extension
rec: ssw-align

Smith-Waterman aligner based on libssw
rec: stacks

pipeline for building loci from short-read DNA sequences
rec: staden

DNA sequence assembly (Gap4/Gap5), editing and analysis tools
rec: staden-io-lib-utils

programs for manipulating DNA sequencing files
rec: stringtie

assemble short RNAseq reads to transcripts
rec: subread

toolkit for processing next-gen sequencing data
rec: suitename

categorize each suite in an RNA backbone
rec: sumaclust

fast and exact clustering of genomic sequences
rec: sumatra

fast and exact comparison and clustering of sequences
rec: sumtrees

Phylogenetic Tree Summarization and Annotation
rec: surankco

Supervised Ranking of Contigs in de novo Assemblies
rec: surpyvor

modification of VCF files with SURVIVOR
rec: survivor

tool set for simulating/evaluating SVs
rec: svim

Structural variant caller for long sequencing reads
rec: swarm

robust and fast clustering method for amplicon-based studies
rec: sweed

assessment of SNPs for their evolutionary advantage
rec: t-coffee

Wielosekwencyjne wyrównanie
rec: tabix

Narzędzie do indeksowania plików z tabulacjami rozdzielającymi pozycje genomu
rec: tantan

low complexity and tandem repeat masker for biosequences
rec: terraphast

enumerate terraces in phylogenetic tree space
rec: theseus

superimpose macromolecules using maximum likelihood
rec: thesias

Testing Haplotype Effects In Association Studies
rec: tiddit

structural variant calling
rec: tigr-glimmer

Gene detection in archea and bacteria
rec: tm-align

Strukturalne dopasowywanie białek
rec: tnseq-transit

statistical calculations of essentiality of genes or genomic regions
rec: toil

Wieloplatformowy silnik przepływu pracy
rec: tombo

Identyfikacja zmodyfikowanych nukleotydów z surowych danych sekwencjonowania nanoporów
rec: tophat-recondition

post-processor for TopHat unmapped reads
rec: topp

set of programs implementing The OpenMS Proteomic Pipeline
rec: toppred

transmembrane topology prediction
rec: tortoize

Application to calculate ramachandran z-scores
rec: trace2dbest

bulk submission of chromatogram data to dbEST
rec: tracetuner

interpretation of DNA Sanger sequencing data
rec: transdecoder

find coding regions within RNA transcript sequences
rec: transrate-tools

helper for transrate
rec: transtermhp

find rho-independent transcription terminators in bacterial genomes
rec: tree-puzzle

Rekonstrukcja drzew filogenetycznych metodą maksymalnego prawdopodobieństwa

lub tree-ppuzzle

Paralelizowana rekonstrukcja drzew filogenetycznych metodą maksymalnego prawdopodobieństwa
rec: treeview

Ponowna implementacja w Javie programu TreeView Michaela Eisena
rec: treeviewx

Wyświetla i drukuje drzewa filogenetyczne
rec: trf

locate and display tandem repeats in DNA sequences
rec: trim-galore

automate quality and adapter trimming for DNA sequencing
rec: trimmomatic

flexible read trimming tool for Illumina NGS data
rec: tvc

genetic variant caller for Ion Torrent sequencing platforms
rec: twopaco

build the compacted de Bruijn graph from many complete genomes
rec: uc-echo

error correction algorithm designed for short-reads from NGS
rec: umap-learn

Uniform Manifold Approximation and Projection
rec: umis

tools for processing UMI RNA-tag data
rec: uncalled

Utility for Nanopore Current Alignment to Large Expanses of DNA
rec: unicycler

hybrid assembly pipeline for bacterial genomes
rec: unikmer

Toolkit for nucleic acid k-mer analysis
rec: varna

Visualization Applet for RNA
rec: vcfanno

annotate a VCF with other VCFs/BEDs/tabixed files
rec: vcftools

Zbiór narzędzi do pracy z plikami VCF
rec: velvet

Nucleic acid sequence assembler for very short reads

lub velvet-long

Nucleic acid sequence assembler for very short reads, long version
rec: velvetoptimiser

automatically optimise Velvet do novo assembly parameters
rec: virulencefinder

identify virulence genes in total or partial sequenced isolates of bacteria
rec: vmatch

Oprogramowanie do analizowania sekwencji na dużą skalę
rec: vsearch

tool for processing metagenomic sequences
rec: vt

toolset for short variant discovery in genetic sequence data
rec: wham-align

Wisconsin's High-Throughput Alignment Method
rec: wigeon

reimplementation of the Pintail 16S DNA anomaly detection utility
rec: wise

comparison of biopolymers, like DNA and protein sequences
rec: xpore

Nanopore analysis of differential RNA modifications
rec: yaha

find split-read mappings on single-end queries
rec: yanagiba

filter low quality Oxford Nanopore reads basecalled with Albacore
rec: yanosim

read simulator nanopore DRS datasets

sug: acacia

Pakiet niedostępny
sug: adun.app

Symulator molekularny do GNUstep-a (GUI)
sug: agat

Pakiet niedostępny
sug: amos-assembler

Pakiet niedostępny
sug: amoscmp

Pakiet niedostępny
sug: anfo

Pakiet niedostępny
sug: annovar

Pakiet niedostępny
sug: apollo

Pakiet niedostępny
sug: arachne

Pakiet niedostępny
sug: arb

phylogenetic sequence analysis suite - main program
sug: arvados

Pakiet niedostępny
sug: asap

Pakiet niedostępny
sug: axparafit

Pakiet niedostępny
sug: axpcoords

Pakiet niedostępny
sug: bagpipe

Pakiet niedostępny
sug: bambus

Pakiet niedostępny
sug: bax2bam

Pakiet niedostępny
sug: bcbio

toolkit for analysing high-throughput sequencing data
sug: biceps

Pakiet niedostępny
sug: big-blast

Pakiet niedostępny
sug: bigsdb

Pakiet niedostępny
sug: bismark

Pakiet niedostępny
sug: blat

Pakiet niedostępny
sug: blimps-utils

blocks database improved searcher
sug: blobology

Pakiet niedostępny
sug: braker

Pakiet niedostępny
sug: btk-core

Pakiet niedostępny
sug: cactus

Pakiet niedostępny
sug: caftools

Pakiet niedostępny
sug: card-rgi

Pakiet niedostępny
sug: catfishq

concatenates fastq files
sug: cdna-db

Pakiet niedostępny
sug: cellprofiler

Pakiet niedostępny
sug: cinema

Pakiet niedostępny
sug: cluster3

Reimplementation of the Eisen-clustering software
sug: cmap

Pakiet niedostępny
sug: conda-package-handling

create and extract conda packages of various formats
sug: condetri

Pakiet niedostępny
sug: contrafold

Pakiet niedostępny
sug: contralign

Pakiet niedostępny
sug: coot

Pakiet niedostępny
sug: copycat

Pakiet niedostępny
sug: covpipe

Pakiet niedostępny
sug: crossbow

Pakiet niedostępny
sug: crux-toolkit

Pakiet niedostępny
sug: cufflinks

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq
sug: cytoscape

Pakiet niedostępny
sug: dascrubber

alignment-based scrubbing pipeline for DNA sequencing reads
sug: dazzle

Pakiet niedostępny
sug: deepbinner

Pakiet niedostępny
sug: deepnano

Pakiet niedostępny
sug: dendroscope

Pakiet niedostępny
sug: diann

Pakiet niedostępny
sug: dnapi

adapter prediction for small RNA sequencing - utils
sug: e-hive

Pakiet niedostępny
sug: ecell

Pakiet niedostępny
sug: embassy-phylip

Pakiet niedostępny
sug: emboss-explorer

Internetowy interfejs graficzny do EMBOSS
sug: ensembl

Pakiet niedostępny
sug: ensembl-vep

Pakiet niedostępny
sug: epigrass

Pakiet niedostępny
sug: estferret

Pakiet niedostępny
sug: euler-sr

Pakiet niedostępny
sug: euler2

Pakiet niedostępny
sug: exabayes

Pakiet niedostępny
sug: exalt

Pakiet niedostępny
sug: excavator

Pakiet niedostępny
sug: ffp

Pakiet niedostępny
sug: fieldbioinformatics

Pakiet niedostępny
sug: figaro

Pakiet niedostępny
sug: flappie

Pakiet niedostępny
sug: forester

Pakiet niedostępny
sug: forge

Pakiet niedostępny
sug: galaxy

Pakiet niedostępny
sug: gatk

Pakiet niedostępny
sug: gbrowse-syn

Pakiet niedostępny
sug: genemark

Pakiet niedostępny
sug: genesplicer

Pakiet niedostępny
sug: genetrack

Pakiet niedostępny
sug: genezilla

Pakiet niedostępny
sug: genographer

Pakiet niedostępny
sug: gerp++

Pakiet niedostępny
sug: getdata

Zarządzanie zewnętrznymi bazami danych
sug: glimmerhmm

Pakiet niedostępny
sug: gmv

Pakiet niedostępny
sug: gramalign

Pakiet niedostępny
sug: graphbin

Pakiet niedostępny
sug: graphmap2

Pakiet niedostępny
sug: haploview

Pakiet niedostępny
sug: hawkeye

Pakiet niedostępny
sug: htqc

Pakiet niedostępny
sug: hts-nim-tools

tools biological sequences: bam-filter, count-reads, vcf-check
sug: idefix

Pakiet niedostępny
sug: idseq-bench

Benchmark generator for the IDseq Portal
sug: igdiscover

Pakiet niedostępny
sug: illustrate

Kreskówkowe przedstawienia dużych cząsteczek biologicznych
sug: inspect

Pakiet niedostępny
sug: jbrowse

Pakiet niedostępny
sug: jigsaw

Pakiet niedostępny
sug: kempbasu

Pakiet niedostępny
sug: libhdf5-dev

HDF5 - pliki dla deweloperów - wydanie szeregowe
sug: libhnswlib-dev

fast approximate nearest neighbor search
sug: lofreq

Pakiet niedostępny
sug: mach-haplotyper

Pakiet niedostępny
sug: mage2tab

Pakiet niedostępny
sug: maker2

Pakiet niedostępny
sug: manta

Pakiet niedostępny
sug: marginphase

Pakiet niedostępny
sug: martj

Pakiet niedostępny
sug: maude

high-performance logical framework
sug: maxd

Pakiet niedostępny
sug: medaka

Pakiet niedostępny
sug: meme

Pakiet niedostępny
sug: mesquite

Pakiet niedostępny
sug: metabit

Pakiet niedostępny
sug: metaeuk

Pakiet niedostępny
sug: metarep

Pakiet niedostępny
sug: metastudent-data

predictor of Gene Ontology terms from protein sequence - data files
sug: metastudent-data-2

predictor of Gene Ontology terms from protein sequence - data #2
sug: migrate

Pakiet niedostępny
sug: minimus

Pakiet niedostępny
sug: mirbase

Pakiet niedostępny
sug: modeller

Pakiet niedostępny
sug: molekel

Pakiet niedostępny
sug: mosaik-aligner

Pakiet niedostępny
sug: mpsqed

Pakiet niedostępny
sug: mrs

Pakiet niedostępny
sug: msatfinder

Pakiet niedostępny
sug: mugsy

Pakiet niedostępny
sug: mummergpu

Pakiet niedostępny
sug: mview

Pakiet niedostępny
sug: nano-snakemake

Pakiet niedostępny
sug: nanocall

Pakiet niedostępny
sug: nanocomp

Pakiet niedostępny
sug: nanoplot

Pakiet niedostępny
sug: ncbi-magicblast

Pakiet niedostępny
sug: nextsv

Pakiet niedostępny
sug: ngila

Pakiet niedostępny
sug: ngsqctoolkit

Pakiet niedostępny
sug: nw-align

Pakiet niedostępny
sug: oases

Pakiet niedostępny
sug: obo-edit

Pakiet niedostępny
sug: oligoarrayaux

Pakiet niedostępny
sug: omegamap

Pakiet niedostępny
sug: oncofuse

Pakiet niedostępny
sug: operondb

Pakiet niedostępny
sug: optitype

Pakiet niedostępny
sug: paipline

Pakiet niedostępny
sug: pangolin

Pakiet niedostępny
sug: partigene

Pakiet niedostępny
sug: partitionfinder

Pakiet niedostępny
sug: patristic

Pakiet niedostępny
sug: pcma

Pakiet niedostępny
sug: pfaat

Pakiet niedostępny
sug: phagefinder

Pakiet niedostępny
sug: phpphylotree

Pakiet niedostępny
sug: phylographer

Pakiet niedostępny
sug: phylophlan

Pakiet niedostępny
sug: phyloviz-core

Pakiet niedostępny
sug: phylowin

Pakiet niedostępny
sug: pigx-scrnaseq

Pakiet niedostępny
sug: pipasic

Pakiet niedostępny
sug: plato

Pakiet niedostępny
sug: pomoxis

Pakiet niedostępny
sug: pplacer

Pakiet niedostępny
sug: profit

Pakiet niedostępny
sug: profphd

Pakiet niedostępny
sug: prot4est

Pakiet niedostępny
sug: psipred

Pakiet niedostępny
sug: pssh2

Pakiet niedostępny
sug: pufferfish

Pakiet niedostępny
sug: purple

Pakiet niedostępny
sug: pyrophosphate-tools

Pakiet niedostępny
sug: python3-alignlib

edit and Hamming distances for biological sequences
sug: python3-anndata

annotated gene by sample numpy matrix
sug: python3-cgecore

Python3 module for the Center for Genomic Epidemiology
sug: python3-cyvcf2

VCF parser based on htslib (Python 3)
sug: python3-deeptools

platform for exploring biological deep-sequencing data
sug: python3-deeptoolsintervals

handlig GTF-like sequence-associated interal-annotation
sug: python3-htseq

Python3 high-throughput genome sequencing read analysis utilities
sug: python3-intake

lightweight package for finding and investigating data
sug: python3-loompy

access loom formatted files for bioinformatics
sug: python3-nanoget

extract information from Oxford Nanopore sequencing data and alignments
sug: python3-nanomath

simple math function for other Oxford Nanopore processing scripts
sug: python3-ncls

datastructure for interval overlap queries
sug: python3-orange

Pakiet niedostępny
sug: python3-py2bit

Dostęp do plików .2bit
sug: python3-pybel

Biological Expression Language
sug: python3-pychopper

identify, orient and trim full-length Nanopore cDNA reads
sug: python3-pyfaidx

efficient random access to fasta subsequences for Python 3
sug: python3-pyflow

lightweight parallel task engine for Python
sug: python3-pyranges

2D representation of genomic intervals and their annotations
sug: python3-pyrle

run length arithmetic in Python
sug: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
sug: python3-tinyalign

numerical representation of differences between strings
sug: q2-alignment

QIIME 2 plugin for generating and manipulating alignments
sug: q2-composition

Pakiet niedostępny
sug: q2-cutadapt

QIIME 2 plugin to work with adapters in sequence data
sug: q2-dada2

QIIME 2 plugin to work with adapters in sequence data
sug: q2-deblur

Pakiet niedostępny
sug: q2-demux

QIIME 2 plugin for demultiplexing of sequence reads
sug: q2-diversity

Pakiet niedostępny
sug: q2-emperor

QIIME2 plugin for display of ordination plots
sug: q2-feature-classifier

QIIME 2 plugin supporting taxonomic classification
sug: q2-feature-table

QIIME 2 plugin supporting operations on feature tables
sug: q2-fragment-insertion

QIIME 2 plugin for fragment insertion
sug: q2-gneiss

Pakiet niedostępny
sug: q2-longitudinal

Pakiet niedostępny
sug: q2-metadata

QIIME 2 plugin for working with and visualizing Metadata
sug: q2-phylogeny

QIIME 2 plugin for phylogeny
sug: q2-quality-control

QIIME 2 plugin for quality assurance of feature and sequence data
sug: q2-quality-filter

QIIME2 plugin for PHRED-based filtering and trimming
sug: q2-sample-classifier

QIIME 2 plugin for machine learning prediction of sample data
sug: q2-taxa

QIIME 2 plugin for working with feature taxonomy annotations
sug: q2-types

QIIME 2 plugin defining types for microbiome analysis
sug: q2-vsearch

Pakiet niedostępny
sug: q2cli

Click-based command line interface for QIIME 2
sug: q2templates

Design template package for QIIME 2 Plugins
sug: qtlcart

Pakiet niedostępny
sug: qtlreaper

Pakiet niedostępny
sug: qualimap

Pakiet niedostępny
sug: quast

Pakiet niedostępny
sug: r-bioc-annotationhub

GNU R client to access AnnotationHub resources
sug: r-bioc-aroma.light

BioConductor methods normalization and visualization of microarray data
sug: r-bioc-beachmat

I/O for several formats storing matrix data
sug: r-bioc-biocneighbors

Nearest Neighbor Detection for Bioconductor Packages
sug: r-bioc-biocsingular

Singular Value Decomposition for Bioconductor Packages
sug: r-bioc-bitseq

Pakiet niedostępny
sug: r-bioc-ctc

Cluster and Tree Conversion
sug: r-bioc-dnacopy

R package: DNA copy number data analysis
sug: r-bioc-ensembldb

GNU R utilities to create and use an Ensembl based annotation database
sug: r-bioc-experimenthub

BioConductor client to access ExperimentHub resources
sug: r-bioc-geneplotter

R package of functions for plotting genomic data
sug: r-bioc-genomicalignments

BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments
sug: r-bioc-genomicfiles

Distributed computing by file or by range
sug: r-bioc-genomicranges

BioConductor representation and manipulation of genomic intervals
sug: r-bioc-go.db

annotation maps describing the entire Gene Ontology
sug: r-bioc-grohmm

GRO-seq Analysis Pipeline
sug: r-bioc-gviz

Plotting data and annotation information along genomic coordinates
sug: r-bioc-isoformswitchanalyzer

Identify, Annotate and Visualize Alternative Splicing and
sug: r-bioc-mofa2

Pakiet niedostępny
sug: r-bioc-org.hs.eg.db

genome-wide annotation for Human
sug: r-bioc-org.mm.eg.db

Pakiet niedostępny
sug: r-bioc-qusage

qusage: Quantitative Set Analysis for Gene Expression
sug: r-bioc-savr

GNU R parse and analyze Illumina SAV files
sug: r-bioc-singlecellexperiment

S4 Classes for Single Cell Data
sug: r-bioc-structuralvariantannotation

Variant annotations for structural variants
sug: r-bioc-tximport

transcript-level estimates for biological sequencing
sug: r-cran-amap

Another Multidimensional Analysis Package
sug: r-cran-biwt

biweight mean vector and covariance and correlation
sug: r-cran-boolnet

assembling, analyzing and visualizing Boolean networks
sug: r-cran-corrplot

Visualization of a Correlation Matrix
sug: r-cran-drinsight

Pakiet niedostępny
sug: r-cran-dynamictreecut

Methods for Detection of Clusters in Hierarchical Clustering
sug: r-cran-epir

GNU R Functions for analysing epidemiological data
sug: r-cran-fitdistrplus

support fit of parametric distribution
sug: r-cran-forecast

GNU R forecasting functions for time series and linear models
sug: r-cran-gprofiler2

Interface to the 'g:Profiler' Toolset
sug: r-cran-minerva

Maximal Information-Based Nonparametric Exploration
sug: r-cran-optimalcutpoints

Computing Optimal Cutpoints in Diagnostic Tests
sug: r-cran-parmigene

Parallel Mutual Information to establish Gene Networks
sug: r-cran-pheatmap

Pakiet GNU R do tworzenia ładnych map cieplnych
sug: r-cran-qqman

R package for visualizing GWAS results using Q-Q and manhattan plots
sug: r-cran-rcpphnsw

R bindings for a Library for Approximate Nearest Neighbors
sug: r-cran-rentrez

GNU R interface to the NCBI's EUtils API
sug: r-cran-sctransform

Variance Stabilizing Transformations for Single Cell UMI Data
sug: r-other-apmswapp

Pakiet niedostępny
sug: r-other-fastbaps

Pakiet niedostępny
sug: raccoon

Pakiet niedostępny
sug: raxml-ng

Pakiet niedostępny
sug: rbs-finder

Pakiet niedostępny
sug: relion-cuda

parallel toolkit for 3D reconstructions in cryo-electron microscopy
sug: relion-gui-cuda

toolkit for 3D reconstructions in cryo-electron microscopy (gui apps)
sug: repeatmasker

Pakiet niedostępny
sug: resfinder-db

ResFinder database is a curated database of acquired resistance genes
sug: roadtrips

Pakiet niedostępny
sug: roche454ace2caf

Pakiet niedostępny
sug: rosa

Pakiet niedostępny
sug: rose

Pakiet niedostępny
sug: rsat

Pakiet niedostępny
sug: sailfish

Pakiet niedostępny
sug: sap

Pakiet niedostępny
sug: science-workflow

Systemy zarządzania przepływem pracy przydatne w badaniach naukowych
sug: sepp

Pakiet niedostępny
sug: seq-gen

simulate the evolution of nucleotide or amino acid sequences
sug: seq-seq-pan

Pakiet niedostępny
sug: seqcluster

analysis of small RNA in NGS data
sug: seqwish

Pakiet niedostępny
sug: sift

predicts if a substitution in a protein has a phenotypic effect
sug: signalalign

Pakiet niedostępny
sug: sina

Pakiet niedostępny
sug: sistr

Pakiet niedostępny
sug: situs

Pakiet niedostępny
sug: snippy

Pakiet niedostępny
sug: solvate

arranges water molecules around protein structures
sug: sourmash

Pakiet niedostępny
sug: sparta

Pakiet niedostępny
sug: splitstree

Pakiet niedostępny
sug: ssaha

Pakiet niedostępny
sug: strap

Pakiet niedostępny
sug: strap-base

Pakiet niedostępny
sug: strelka

Pakiet niedostępny
sug: tab2mage

Pakiet niedostępny
sug: tacg

Pakiet niedostępny
sug: tandem-genotypes

Pakiet niedostępny
sug: taverna

Pakiet niedostępny
sug: taxinspector

Pakiet niedostępny
sug: tetra

Pakiet niedostępny
sug: tide

Pakiet niedostępny
sug: tigr-glimmer-mg

Pakiet niedostępny
sug: tipp

Pakiet niedostępny
sug: tn-seqexplorer

Pakiet niedostępny
sug: tophat

Pakiet niedostępny
sug: treebuilder3d

Pakiet niedostępny
sug: trinityrnaseq

Pakiet niedostępny
sug: tripal

Pakiet niedostępny
sug: trnascan-se

detection of transfer RNA genes in genomic sequence
sug: twain

Pakiet niedostępny
sug: ufasta

Pakiet niedostępny
sug: ugene

Pakiet niedostępny
sug: umap

Pakiet niedostępny
sug: unc-fish

Pakiet niedostępny
sug: uniprime

Pakiet niedostępny
sug: varmatch

Pakiet niedostępny
sug: varscan

variant detection in next-generation sequencing data
sug: vdjtools

framework for post-analysis of B/T cell repertoires
sug: vg

Pakiet niedostępny
sug: vienna-rna

RNA sequence analysis
sug: viewmol

Pakiet niedostępny
sug: vmd

Pakiet niedostępny
sug: x-tandem-pipeline

Pakiet niedostępny
sug: zodiac-zeden

Pakiet niedostępny

Pobieranie med-bio

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
all	14,0 KiB	44,0 KiB	[lista plików]